为适应某些特殊的需要，清廷也设立了一些新的政府部门，如在1638年建立理藩院来管辖有关西藏、蒙古和西域（新疆）的事务；1729年设立军机处，使决策过程集中化；1861年更设立总理衙门来掌管与西方列强的外交关系。为镇压叛乱并扩展疆土，清廷向遥远的边疆发动了多次军事征讨，形成了中国历史上疆域第二大的王朝。在19世纪中叶以后，有许多洋人受聘担任政府官职，从而使满—汉二元体制扩展为一种“满—汉—夷”的混合体制（synarchy）。所有这些以及其他许多政策措施，都旨在确保大清江山的长治久安，它们强烈地影响并引导1644—1911年间这个国家政治生活的主流。在满清王朝覆灭后，民国政府最关注的是对内统一国家、对外废除不平等条约。到了1949年以后的共产党执政时期，我们则看到了一种实现社会主义改造，迅速实行工业化和争取大国地位的强烈动力。政府的这些重要政策，在引导国家和人民的命运方面，显然发挥了主要的作用，因而应当受到历史学家们的持续关注。
然而我们决不能忽视那些更难以把握的历史潜流，它们也是一种决定中国形态的动力。确实，在清朝这样一种不允许有任何合法反对派政治团体存在的专制制度中，秘密活动不时地对历史的发展起着非常重要的作用。尽管有许多汉人加入了满清政府或默认了清廷的统治，但有很多人却仍然保持着沉默的抵制。清廷乃是一个异族王朝的铁定事实，持续地激发了汉人以秘密会社活动、民族或种族起义，以及革命等方式进行反抗。最初，反清情绪伴随着一种恢复前明王朝的渴望——如各南明小朝廷的抗清运动、郑成功及其子在台湾的抵抗和三藩之乱都表明了这一点。当这些运动相继失败后，“反清复明”的思想暗暗地在诸如天地会和白莲教等秘密会社中间得到流传滋长，并伺机而动。当乾隆朝（1736—1795年）末期中央政府的警惕松懈之际，1796年便爆发了白莲教起义，并持续到1804年，这绝非偶然的巧合。
在白莲教起义平息后，民族或种族反抗再次归于沉寂，一直到1850—1864年太平天国时期才又一次复兴。不过太平军只保存了上述口号中的“反清”部分，却抛弃了恢复明朝的思想，因为他们要创建一个属于自己的王国。1864年太平军失败后，民族或种族革命再度转为秘密会社的活动，并激发了孙中山等一批后来革命家的斗志。到孙中山一辈投身革命之时，革命抱负已大大扩展，包括了反对外国帝国主义的复仇意识。随着1912年满清王朝的垮台，原初的“反清”目标已达到了，于是民族主义革命转向了反对外国帝国主义。欧洲殖民列强在20世纪头20年成为中国革命的主要对象；30年代和40年代前半期的主要对象是日本；50年代后期起则是苏联。
由此看到，在整个近代中国三百多年的时期内，反对外来因素的民族或种族抗争，构成了一个清晰的历史主题，它时而浮现到表面，时而转入地下。这种动力经久持续，一位著名的史学家带点夸张地评价说，近代中国的历史可被视为一部民族主义革命的历史。
