2002年，石油业全面重组。尤科斯作为最具潜力的合作伙伴，得到了英国巨头英国石油公司的青睐。英国石油公司和霍多尔科夫斯基、普拉东·列别捷夫多次会谈，但最终英国石油公司放弃了这场联姻。后来，英国石油公司投资75亿美元，与俄罗斯秋明石油公司（TNK）合作，这是俄有史以来得到的最大一笔外资。这笔交易使得秋明石油公司的老板彼得·伊文和米哈伊尔·弗里德曼富甲天下，秋明-英国联合石油公司成为世界石油业的新生力量。
察觉到尤科斯的失望情绪，罗曼·阿布拉莫维奇适时鼓动霍多尔科夫斯基重拾五年前的规划。2003年3月，霍多尔科夫斯基在克里姆林宫反腐会议上与普京发生冲突的两周之后，阿布拉莫维奇正式接触霍多尔科夫斯基。当时，霍多尔科夫斯基已被普京列入黑名单，加之阿布拉莫维奇和普京的亲密关系，导致外界出现种种推测。一些时事评论员认为，阿布拉莫维奇和普京为尤科斯老板设下了陷阱，并秘密筹划打击霍多尔科夫斯基的具体行动。在整个反对尤科斯的事件中，类似的说法流传不息，诸多核心人物都认为阿布拉莫维奇扮演了不太光彩的角色。
在霍多尔科夫斯基看来，西伯利亚石油公司的确具有吸引力。因为阿布拉莫维奇也同样采用了西方化的公开性财务制度和透明运作的公司制度。两家公司的愿景一致、志趣相投、规模相当、采油和冶炼能力相近，能够彼此配合。交易很快达成，两家公司一经合并就成为拥有3?500亿美元资产的联合企业集团，生产全俄三分之一的石油。4月22日，协议生效，同时双方发表联合声明，以示庆祝：
尤科斯和西伯利亚石油公司的核心持股人今天宣布，他们原则上同意将两家企业合并为全俄最大的企业。合并后的石油和天然气集团，不仅是俄罗斯最大的集团，同时也是世界第四大私营石油制造商。该集团拥有1?940亿桶石油和天然气的储备量，日产原油接近2?300万桶。合并后的企业命名为尤科斯-西伯利亚石油公司。尤科斯公司的米哈伊尔·霍多尔科夫斯基就任新集团执行总裁，西伯利亚石油公司的叶夫根尼·什维德勒被任命为董事会董事长。
显然，霍多尔科夫斯基出任新联合公司的老板，阿布拉莫维奇得到实惠后急流勇退，什维德勒——阿布拉莫维奇的主要副职——依然留在董事会，担任合并后的西伯利亚石油公司的代表。霍多尔科夫斯基认为，这笔交易是尤科斯登上国际舞台的重大举措：
通过与西伯利亚石油公司的合并，我们将拥有协同合作的杰出管理团队、高度职业化的劳动力和丰厚的资产，借此将竞争优势最大化。新的产业巨人将拥有更多的资产和更强的资金潜力，从而为企业带来更高的效益，迅速达到战略性目标，使联合公司成为全球能源市场的领军力量。
阿布拉莫维奇把公司拱手让给尤科斯，自己也并非空手而归。通过这笔交易，作为20%持股权的报酬，阿布拉莫维奇获利30亿美元，同时，他依旧在新公司中持有股份。随后，他又耗资23.5亿英镑购买英国切尔西足球俱乐部，这几乎倾其所有。
