从一开始，“特殊”监狱系统就是为了对付特殊的囚犯：神职人员、前沙俄政府官员、资产阶级投机商、新制度的敌人。但是，苏维埃当局对于一类特殊的“政治犯”比对其他囚犯更感兴趣。这些人是革命的社会主义政治派别中的非布尔什维克成员，主要是无政府主义者、左翼和右翼社会革命党人、孟什维克、以及其他所有那些曾经为革命进行斗争却毫无先见之明地没有加入列宁的布尔什维克派别并且没有积极参加一九一七年十月政变的人。作为过去与沙皇政权进行革命斗争的盟友，他们应该受到特殊对待。直到三十年代末期为止，苏共中央委员会将会多次讨论如何处理这些人。其中仍然活着的人大部分都在三十年代末期遭到逮捕或枪决。
在某种程度上，列宁这一类特殊囚犯怀恨在心，因为像所有排斥异己的领导人一样，他最仇恨的就是背叛者。在一场典型的辩论中，他把一位批评他的社会党人称为“骗子”、“瞎了眼的狗”、“拍资产阶级马屁的人”、“敲诈勒索者和流氓无赖的应声虫”，只配扔进“叛徒的垃圾坑”。实际上，早在俄国革命之前，列宁就知道他将对付那些反对他的社会党人同志。他的一位革命战友回忆了他们就这个问题所进行的一次谈话：
我对他说：“弗拉基米尔?伊里奇，如果你夺取了政权，恐怕你在第二天就会动手绞死孟什维克。”他扫了我一眼回答道：“我们将在绞死最后一个社会革命党人之后绞死第一个孟什维克。”然后，他皱起眉头笑了笑。
但是，属于这一类特殊“政治犯”的那些囚犯也更加难以管理。许多人在沙皇的监狱里待过多年，知道如何组织绝食斗争，如何向监狱看守施加压力，如何在牢房之间传递情报交流信息，如何组织联合抗议行动。更重要的是，他们还知道如何与外界进行联系以及与什么人进行联系。俄国的大多数非布尔什维克社会主义政党仍然设有流亡支部，通常是在柏林或巴黎，其成员可以严重破坏布尔什维克的国际形象。在一九二一年召开的共产国际第三次代表大会上，社会革命党——该党在意识形态方面与布尔什维克最为接近（其部分成员曾与布尔什维克短期结盟）——流亡支部的代表大声宣读了他们被关押在俄国的同志写来的一封信。这封信在代表大会上引起轰动，主要因为它声称，革命俄国的监狱条件比沙俄时期还要恶劣。“我们的同志正处于半饥饿状态，”信中写道，“其中许多人已经坐牢几个月仍然不许他们会见亲属，不许通信，不许锻炼身体。”
