陈炯明排除异己的举动引起了其他民军的激烈反抗，他们组织“扶正同盟会”，并以“二次革命”为号召，公然与广东革命政府对立。在“循军”与其他旧军官的支持下，陈炯明施展铁腕手段，最终迫使王和顺、杨万夫、关仁甫等部解散，其他民军亦遣去十之八九。之后，陈炯明又建立广东全省总绥靖处以稳定各地局势，在大举清乡的过程中，其镇压手段堪称残暴，如年轻的革命党人朱执信在负责广阳绥靖处时，小小犯法即被处决，可谓草菅人命、杀人如麻，根本无法律可言。
陈炯明在军界并无基础，因而在整编军队时心存私念，他在保留“循军”的同时又大量留用旧军[21]，由此埋下了后来“二次革命”失败的病因。其中最为突出的例子是，姚雨平曾率一支由广东新军为主力的北伐队赴南京增援，这支部队有完整的炮兵、机枪、辎重、工程营，军中也不乏像李济深、陈铭枢这样的优秀军官，但南京临时政府解散后，广东北伐军前脚刚回到广州，后脚即被陈炯明下令就地缴械，并饬所有人员各返原乡，不得在广州逗留。陈炯明的做法，无疑是一种自毁长城的短视与自私之举。
相比而言，率浙军出征并在攻克南京中立下大功的朱瑞就幸运多了。浙江革命后，其省也是三易其督，先是文人汤寿潜，继为新军将领蒋尊簋，朱瑞得胜归来后，势力很大，最终迫使蒋尊簋辞位而去，朱队长摇身一变成了朱都督。朱瑞当权后，大力提拔重用原江南陆师学堂的师兄弟们，在整个袁世凯时期，其势力可算稳固。
因出师北伐而当上一省之督的还有云南新军的年轻将领唐继尧，不过他不是回云南而是在贵州当上了都督。云南起义时，时任营管带的唐继尧既是革命积极分子，也是后任云南都督的蔡锷之学弟（均为留日士官生）。辛亥革命期间，云南共派出两支援军，一路援川，一路援鄂，后者即由唐继尧带队，其计划是借道贵州奔赴前线。后因和议已成，而贵州局势动荡，有机可乘，于是唐继尧反客为主，于3月3日发动突然袭击并一举攻占贵阳，成为贵州的实际主人。
唐继尧建立政权后，立刻对原贵州的军队斩尽杀绝。最初黔军第一标由叶占标率领援川，滇军入黔后，代理都督赵德全命其回师，但在其返回贵阳时，贵州已是唐继尧的天下。当晚，滇军即将叶占标部包围，叶率部突围时被打死，其余部七八百人，无论官长士兵，均在解除武装后押至贵阳城外的螺蛳山下被机枪射杀。
