说起扶乩的起源，离不开民间关于厕神紫姑的传说。紫姑是某大户人家的小妾，遭到正房夫人曹夫人的嫉妒，曹夫人经常逼她到厕所里干脏活。正月十五的晚上，紫姑因受气难忍，死在厕所中。紫姑死后显灵，人们于是在元宵夜设置乩坛，迎请紫姑，请紫姑回答问题，逐渐演变成一习俗。接请紫姑者，必须是尚未出嫁的姑娘，男人须回避。为迎请紫姑，姑娘先在灶前焚香、点蜡烛，然后在平摊着米粒的桶盘内燃上三炷香，手托桶盘，口念咒语七遍。接着将桶盘端开，另一姑娘手持竹箩，走至堂前，将桶盘置于桌上，在竹箩边插上一根筷子，使之下垂，然后二人各用一手轻托竹箩边缘，悬于桶盘上，然后开始发问。如果问题答案是数字，筷子就会在桶盘上点击。比如，问今年农活能有几成的收成？筷子如果在桶盘的米粒上点击四下，就说明今年会有四成的好收成。如果问答案在肯定与否定之间选择的问题，那么就告诉紫姑，如果答案是否定的，就点一下，如果是肯定就点两下。比如，问爷爷的病会不会痊愈，如果会痊愈，筷子就会在桶盘的米粒上点两下。后来扶乩工具演变成带有细沙的木盘，没有细沙，可用灰土代替。乩笔插在一个筲箕上，或者用一个竹圈或铁圈固定一支乩笔。扶乩时乩童手扶筲箕，使乩笔不停地在沙盘上写字，同时口中念某某神灵降临乩坛。旁边一人负责记录，整理出来就成了所谓的乩文。
扶乩源自民间，但是后来被吸纳成为道教的一个重要仪式，据说很多道教经卷皆出自扶乩之手。东晋哀帝年间（362——365），江东一带道教早期分支——天师道盛行，时任护军长史的许谧向会稽王司马昱（后为晋文帝）府上举荐乩手杨羲。许氏家族极为信奉天师道，他们在京都建业（今南京）设立乩坛，任许谧为坛主，杨羲为乩手兼做记录。最初的道教《上清真经》三十一卷便是出自他们扶乩之手。至北周武帝天和年间（566——569）时，道徒王灵期通过扶乩，增修《上清经》达到一百八十六卷，其中一百二十七卷已经印行，成为道教上清派的基本教义，可见道教历史上扶乩活动兴盛至极。
唐宋的诗歌中和文献中都提及过扶乩和紫姑。唐代李商隐写有“羞逐乡人赛紫姑”的诗句。宋代沈括《梦溪笔谈》记载“近岁迎紫姑仙者极多”。宋代洪迈《夷坚志》详细描述了扶乩的过程。宋代民间流行扶乩，以文为盛，降临乩坛的不再局限于鬼神，而开始出现古代名人，扶乩成为文人墨客的一大业余爱好。陆游在《箕卜》诗中描述说：“孟春百草灵，古俗迎紫姑。厨中取竹箕，冒以妇裙襦。竖子夹相持，插笔祝其书。俄若有物评，对答不须臾。岂必考中否，一笑聊相娱。”由此诗可看出，一、读书人参加科举考试多喜扶乩占卜；二、陆游的态度是完全把此当成消遣和娱乐，并没有太严肃。
到了明代，扶乩进一步流传，乩仙可以规划建筑布局，而且唐代诗人李白居然也降临乩坛，为碑题记。《山西通志》记载：“太原府纯阳宫在贡院东天衢，明万历年建。凡起造规划，偕仙乩布置。内八封楼、降笔楼，亭洞幽雅，俱非人思意所及。即对额皆乩笔所题，碑记乃李太白乩笔也。用醉翁亭体，文甚奇俊。” 扶乩流传之广，情形之灵异，最终会传到朝廷而被统治者利用，并用于官场上的明争暗斗。 《明史·蓝道行传》记载，奸臣严嵩与擅长扶乩的道士田玉勾结，诬陷政敌蓝道行，导致蓝道行下狱而死。大臣徐阶极力反对扶乩术，他对世宗说：“扶乩之术，惟中外交通，间有验者，否则茫然不知。今宫孽已失，仅非道行所致。且用此辈。孽未心消。小人无赖，宜治以法。”后来，世宗处死了田玉等人。明代俞如楫的《礼部志稿》载有马文升《复奏四事疏》：“宜令各该巡城监察御史及五城兵马司并锦衣卫巡捕官逐一搜访，但有扶乩祷圣驱雷唤雨捉鬼耳报，一切邪术人等及无名之人，俱限一月内尽逐出京。”可见，扶乩之风盛行，被人利用，妖言惑众，已经对社会产生了重大危害。马文升郑重其事上疏，希望引起重视。
