制度上有了突破性进展，最困难的问题也随之而来：如何在现有基础上，进一步打破根深蒂固的官贵民贱的思想束缚，使得行政诉讼制度切实可行，保证人民因为政府违反合法行政原则的行政行为而受到的损失能够通过法定程序得到实实在在的补偿？各方面的阻力是很大的。甚至行政部门有人曾经要联名给中央写信，害怕有了《行政诉讼法》会威胁到自己的权力，害怕自己因行政违法而上被告席。甚至有人认为，行政诉讼会动摇政府的权威与公信力，影响大局的稳定。为此，彭真同志亲自召开协调会，并向与会同志重申《中华人民共和国宪法》第四十一条的规定：中华人民共和国公民“对于任何国家机关和国家工作人员的违法失职行为，有向有关国家机关提出申诉、控告或者检举的权利”。参会的法工委同志对此做了详细解释，指出宪法规定的“任何国家机关和国家工作人员”包括行政机关及其工作人员，而“控告”就是向法院提起诉讼，《民事诉讼法（试行）》中涉及行政诉讼的规定是完全根据宪法制定出来的。
从1982年建立行政诉讼制度后，法院的行政案件审判工作稳步开展，行政诉讼制度逐渐完善。1986年，民法通则制定后，由于要对民事诉讼法做出相应的修改与完善，全国人大法工委把行政诉讼法的研究工作也列入计划，并召开一系列座谈会对行政诉讼问题进行更加深入的专题研究。同年10月，由全国人大法工委、国务院法制局、法院系统、高校法学专家等成员组成行政立法研究小组，专门开展立法研究与行政诉讼法草案的起草工作。
1987年，行政立法研究小组起草了《行政诉讼法》的试拟稿，全国人大法工委将试拟稿发放到有关部门和地方征求意见，并根据各方面意见作出修改。1988年将修改后的征求意见稿下发，结合反馈意见做进一步完善后形成草案。同年10月，《行政诉讼法（草案）》提请全国人大常委会审议。常委会审议决定，公布《行政诉讼法（草案）》，向社会公开征求意见，《人民日报》在11月10日刊载了草案。草案向社会公布后，全国人大法工委多次召集各方面专家学者与部门负责同志召开座谈会，听取各方面意见，研究修改方案。这些意见牵涉多方利益，甚至司法机关与行政机关在某些问题上也有非常大的分歧，比如法院能否以判决形式变更行政行为。法院的同志普遍支持判决变更，从而对行政机关工作进行监督与制约；而政府行政机关的同志则坚决反对这一司法权扩张的行为。这些意见分歧在当时看来比较棘手。全国人大法工委在《行政诉讼法（草案）》征求意见时明确指出：首先就是要强调保护公民的合法权益，在考虑包括受案范围等问题时必须明确这一点；同时，从实际出发，在明确目标与方向的基础上考虑可行性，有阶段有步骤地处理好行政程序法与行政实体法的关系，促进行政管理法制化；如果有的行政机关工作人员侵犯了公民的合法权益，能通过司法程序得到及时解决，可以防止矛盾激化，避免发生过激行为，这有利于稳定政治局面和维护良好的社会秩序，有利于保障四个现代化建设的顺利进行。
