术士戴洋预测：“今年九月，祖豫州当死。”大兴四年初，有妖星见于豫州之分。祖逖也看到了那颗妖星，说：“这是为了我而出现的啊！将要平定河北，而上天却要杀我，这也是不再保佑我国的征兆啊！”病中的祖逖对后事做了妥善的安排，他将自己的家眷安置在汝州大木山下的坞堡里，又组织人力营筑虎牢关，使得城池北临黄河，南接成皋。在加强前线防御力量的同时，他又担心豫州南部没有险阻，就派自己的侄子汝南太守祖济率领汝阳太守张敞、新蔡内史周闳在豫州腹地构筑堡垒。
堡垒还没有筑成，祖逖的病情就转重了。大兴四年九月，壮志未酬的祖逖病死在他驻守的雍丘(河南省开封市杞县)，终年56岁。豫州的老百姓闻听祖豫州逝世的消息，无不如丧考妣，痛哭失声，谯郡(安徽省亳州市)、梁国(河南省商丘市)的百姓纷纷自发为祖逖建立祠堂祭祀。司马睿追赠祖逖为车骑将军，并以祖逖的同母弟弟祖约为平西将军、豫州刺史，代领祖逖之众。
祖约，字士少，与祖逖十分友爱，在建康为司马睿的从事中郎，负责选举工作。由于祖逖的功绩，祖约也渐渐受到了司马睿的重用，被升为侍中。同父异母哥哥祖纳与祖约关系不好，在听说司马睿任命祖约为将以后，秘密上书司马睿，称祖约“怀有陵上之心，压抑着使用此人，还是可以的。如果给他大权，他将会有叛乱之心”。司马睿认为祖纳与祖约异母，是嫉妒祖约，就将祖纳的奏疏公开出来，祖约从此对祖纳恨之入骨，朝廷也因此排斥祖纳。祖纳自此闲废在家。不过，时间将证明，祖纳的断言绝不是空穴来风。祖约一到防地，下属们就看出了他与那位和士卒同甘共苦、辛勤做事的祖逖完全不同，是个阔少爷的气派，因此下属对他不服。
王敦对祖逖颇为忌惮，等祖逖一死，王敦再无什么顾忌了，他密谋反叛的行动也真正纳入了议事日程。
刘隗虽然领兵万人去了淮阴《晋书·刘隗传》记载为泗口。，但是朝廷大事司马睿都与之商量，王敦当然对此心知肚明。为了拉拢和试探，王敦写信给刘隗说：“近来圣上对阁下您眷顾有加，如今北方强贼未灭，中原鼎沸。我愿意与您以及周顗等人一起报效王室，共同扫平海内。如果能够顺利，帝业就此兴隆，如果不利，天下再无希望了。”
刘隗根本不理睬王敦投过来的橄榄枝，而是强硬地回信说：“鱼儿一到大海，就相互忘掉了对方；人在道义面前，也忘记了彼此。我尽心竭力报效国家，这是我志向。”意思是，我刘隗只忠于司马睿，尽忠报效国家，不可能与你王敦做朋友。接到刘隗回信的王敦，不禁大怒。
让王敦更为愤怒的事情还在后面。
就在任命戴渊和刘隗为都督不久，司马睿于大兴四年七月二十五日剥夺了王导骠骑将军的官职，加封其为侍中、司空、假节、录尚书事，兼中书监。这当然是明升暗降之举。王敦再次上书，对司马睿陈述自古以来忠臣被皇帝怀疑而小人从中煽风点火之事，想要以此感动司马睿。然而，这已经不是忠臣不忠臣的问题，而是司马睿的皇权与王导的相权之间不可调和的矛盾问题。仅凭一纸奏疏，怎能化解这一切？王氏不放弃权力，对于司马睿而言，一切都是空话，王敦所说的不仅不能感动司马睿，相反让司马睿更感威胁。为了安抚王敦，司马睿加王敦羽葆鼓吹羽葆：帝王仪仗中以鸟羽联缀为饰的华盖。《汉书·韩延寿传》：“建幢棨，植羽葆。”颜师古注：“羽葆，聚翟尾为之，亦今纛之类也。”帝王亦以此赠重臣，以示恩宠。，增加从事中郎、椽属、舍人名额各两人，以示尊崇。但是，这些表面文章，王敦怎能买账？
