在树木系统中，内在的连接关系是那些影响着树木新陈代谢过程的物质流动和化学反应，也就是让系统中某一部分对另外一些部分的状况做出反应的各种信号。
例如，晴天时，当树叶散失了水分，负责输送水分的叶脉中的压力就会减小，从而从树根那里汲取更多的水分；相反，如果树根察觉到土壤变得干燥、水分减少，叶脉中压力减小的信号就会让树叶关闭毛孔，以避免流失更多的水分。
在温带，随着白昼的逐渐缩短，落叶树木会释放出一些化学信号，使树叶中的养分向树干和树根传输，从而导致叶茎枯萎、树叶脱落。甚至当某个部分遭到害虫攻击时，树木也能发出一些信号，让自身产生驱虫的化学反应或形成更加坚固的细胞壁。
没有人了解是什么让树木做出这样的反应，但这也不足为奇，因为研究系统的要素毕竟要比研究其内在的关系简单得多。在一个大学系统中，内在连接包括入学标准、学位要求、考试和分数、预算和现金流、人们的闲谈等。当然，最重要的是知识的交流，这或许才是整个系统的根本目的。系统中的某些连接是实实在在的物质流，例如树干中的水分，或者学生在大学中的改变；还有很多连接是信息流，也就是系统中影响决策和行动的各种信号。这类连接通常很难被发现，但只要你用心，就会看到它们。例如，学生们可能会通过一些非正式的信息渠道，去了解每门课获得高分的概率，从而决定选修哪些课；消费者可能会参考其收入、储蓄、贷款额度、家中的存货量、商品价格和数量等信息，来做出是否购买的决策；政府在出台切合实际的治污法规之前，也需参考水污染的种类和数量等信息（当然，了解问题存在的相关信息是必要的，但还不足以采取行动——我们还需要了解资源、动机和结果等信息）。
如果说基于信息的连接都很难被发现的话，那么与系统的功能或目标有关的连接就更难被察觉了。只有通过分析系统的运作，我们才有可能明确地表述出系统的功能或目标。要想推断出系统的目标，最好的方法就是仔细地观察一段时间，看看系统有哪些行为。
如果一只青蛙向右转捉住了一只苍蝇，然后向左转又捉住了另一只苍蝇，接着又向后转捉住了第三只苍蝇，那么我们就可以判断出青蛙的目的并非是向左、向右或向后转身，而是为了捕捉苍蝇。如果一个政府宣称要保护环境，却只为此拨付了很少量的资金，投入很少的精力，那么我们就可以判断出政府的实际目的并非保护环境。因此，必须通过实际行为来推断系统的目标，而不能只看表面的言辞或其标榜的目标。
