尹集钧和史咏在亲自调查后也得出了大致相同的数字——大约355 000人。尽管他们所估计的死亡人数代表了南京罹难者总数估计中的上限，尹集钧和史咏认为，南京大屠杀中实际罹难者总数远远超过他们目前所能发掘的记载数据。有专家认为，在死亡统计数据方面存在大量的重复计算现象，例如，许多尸体被日本人抛入长江后又被冲到岸边，然后被重新埋葬，因而在尸体统计中被计算了两次。尹集钧和史咏反驳了这种观点，他们坚称，任何被冲上岸的尸体都会被埋在江边，而不是在离江岸很远的地方；根据他们的研究，大部分尸体的掩埋地点都离长江沿岸数英里之遥。他们认为，翻山越岭地将那些因长期暴露而高度腐烂的尸体运到远处掩埋有违常理。而且，尹集钧和史咏通过对幸存者的采访发现，那些遭奸杀的遇难者的家属通常会立刻将死者埋葬，而不向有关当局报告。由于他们的研究统计中只包括集体屠杀的数据，个别、偶发的残杀则被排除在外，因此尹集钧和史咏相信南京大屠杀的死亡总人数应该在40万左右。
一个更有说服力的证据是，连日本人自己都相信，南京大屠杀的死亡总人数可能高达30万。这个证据非常重要，因为它不仅是日本人自己的统计数据，而且是在南京大屠杀发生的第一个月统计的，那时日军对中国人的屠杀还远未结束。1938年1月17日，日本外相广田弘毅将如下信息从东京转发给他在华盛顿的联络人时被美国情报人员截获并破解，后于1938年2月1日将其译成英文：
几天前返回上海以后，我调查了日本军队在南京及其他地方所犯的暴行。根据可靠目击者的口述及其他可靠人士的信件，已有令人信服的证据表明，日本军队过去实施且目前仍在继续的某些行为让人联想到匈奴王阿提拉及其部下的恶劣行径。至少有30万中国平民惨遭杀害，其中许多案例非常残忍。
有人认为，如果蒋介石在1937年11月国民党政府大举撤离南京时也将军队撤走，留下一座不设防的空城，也许可以避免日军的大屠杀。这种假设非常吸引人，但稍作思考就会发现它站不住脚。毕竟，在日军攻陷南京前几个月中，他们已经在向南京推进的路上有系统地摧毁城市和村庄，并在其他各地犯下类似暴行。毫无疑问，他们不需要中国人的刺激就能做出这些事情。我们可以肯定的是，一座没有军队驻防的城市至少使日军没有借口通过一系列屠杀消灭隐藏在平民中的中国军人。但并没有证据表明，撤走军队就能改变日军的行为。
还有人认为，如果蒋介石在最后一刻避免下达毫无意义的撤军命令，转而决定为保卫南京奋战到最后一兵一卒，那么南京的命运可能大不相同。这种说法同样有一定说服力，但我们仍需谨慎。两军短兵相接的战斗绝不可行，因为日本军队的装备和接受的训练都远远好于中国军队，想必他们迟早会战胜中国军队。但如果采用游击战的策略，同日军展开旷日持久的斗争，或许会使双方士气发生敌消我涨的变化，至少这种战术将使日军在与中国军队作战时出现更多伤亡，而且他们的嚣张气焰也会因中国军队的顽强抵抗而消灭。
