这使全城的年轻妇女陷入了糟糕的两难境地，她们不知道是该待在家里还是去国际安全区（由美国人和欧洲人保护的中立区域）避难。如果待在家里，她们将处于当着家人的面被强奸的危险中。但是，如果离家去安全区，她们将有在街上被日本士兵抓住的危险。对南京的妇女来说，陷阱无处不在。比如，日军编造谎言说妇女可以去市场上用大米和面粉换取鸡鸭，但是当她们到达市场准备交易时却发现一群日本士兵正在等待她们上钩。有些日本士兵雇用中国汉奸搜寻可供强暴的人选。甚至在安全区内，日本士兵也会挑起事端，将外国人引出难民营，然后绑架毫无反抗能力的中国妇女。
中国妇女随时随地都可能遭到强奸。据估计，1/3的强暴案件发生在白天。据幸存者回忆，日本士兵甚至在光天化日之下，在大庭广众面前，当街掰开受害者双腿强奸她们。对日本人来说，没有任何地方是不能实施强奸的神圣之地。他们在尼姑庵、在教堂、在神学院、在圣经培训学校强奸妇女。曾经有17个日本士兵在神学院的操场上轮奸了1名中国妇女。《大公报》证实了南京的大规模强暴事件：“每天24小时，每时每刻都有无辜的妇女被日本士兵拖到某个地方去强奸。”
日本士兵连老年妇女也不放过。已婚妇女、祖母以及曾祖母都不断遭到性侵犯，一个日本士兵在强奸了一名60多岁的妇女后命令她“用嘴将他的阴茎舔干净”。当一位62岁的老妇人反抗说她年龄太大无法性交时，日本士兵就“用木棍将她暴打一顿”。许多80多岁的妇女甚至被强奸至死，有这样年纪的中国妇女因拒绝日本士兵的性要求而遭枪杀。
如果说日本士兵对待老年妇女的方式令人发指，那么他们对女童的摧残更是令人难以想象。小女孩在遭到如此野蛮的强奸后几周都不能走路，许多小女孩事后需要进行手术，有些则不治身亡。曾有中国目击者看到日本士兵在大街上强奸10岁以下的小女孩，然后用刺刀将她们劈成两半。在有些案例中，日本士兵甚至切开小女孩的阴道，以便强奸起来更容易。
即将生产的孕妇甚至也不能免遭摧残，日军强奸了许多即将临盆、正在分娩或产后没几天的妇女。一位怀胎九月的妇女在遭到强奸后不仅产下死胎，而且精神完全崩溃。还有孕妇被日军活活踢死。这些妇女腹中的胎儿所遭受的残酷对待更是令人毛骨悚然。在对孕妇进行轮奸后，日本士兵还时常剖开她们的肚子，扯出胎儿以供娱乐。
强奸妇女经常与屠杀受害者全家同时发生。
