以上提到的事件仅仅是日军向受害者施虐的一小部分方法。日军还将受害者浸在酸性溶液中腐蚀他们，用刺刀把婴儿挑起来，钩住受害者的舌头把他们吊起来。一位日本记者后来调查南京大屠杀时了解到，有日本士兵将一位中国遇难者的心脏和肝脏挖出来吃掉。他们甚至还吃男性的生殖器。一名中国士兵逃出日军的牢笼后，在街上看到几具尸体的生殖器被割掉了，他后来得知这些生殖器被卖给了某些日本消费者，他们相信吃了可以壮阳。
强奸
对我们而言，如果说发生在南京的屠杀规模和性质令人震惊的话，那么发生在这里的强暴案件的规模和性质同样如此。
毫无疑问，这是世界历史上最大规模的强奸事件之一。划时代著作《违背我们的意愿：男人、女人与强奸》一书的作者苏珊?布朗米勒认为，除了1971年巴基斯坦军人强暴孟加拉妇女的事件（一次起义失败之后，在巴基斯坦人长达9个月的恐怖统治期间，20万~40万孟加拉妇女遭到强暴）之外，发生在南京的强暴可能是战争期间强暴平民的所有事件中最恶劣的一桩。布朗米勒猜测，发生在南京的强暴事件在规模上甚至超过南斯拉夫妇女被强暴的事件，不过由于波斯尼亚的统计数据并不可靠，她对自己的这一结论并不十分肯定。
要确定南京大屠杀期间被强暴妇女的准确人数是不可能的，各种估计数字从2万~8万不等。但是，日军对南京妇女的所作所为却不能仅仅由一纸统计数字来衡量。我们永远无法全面了解受害者的精神损失，因为许多遭此苦难的妇女发现自己怀孕了。南京大屠杀期间，中国妇女遭日本人强奸而怀孕的话题非常敏感，因此从来没有被全面地研究过。据我所知，以及根据一些中国历史学家和南京大屠杀纪念馆馆员的研究，至今没有一位中国妇女站出来承认自己的孩子是被日军强奸的结果。许多这样的孩子被偷偷杀掉了，根据一位南京大屠杀期间留在南京的美国社会学家的说法，数不清的中日混血婴儿刚一出生就被掐死或溺死了。可以想象，许多中国妇女在面对抚养一个她们无法去爱的孩子和犯下杀婴罪行这样的两难选择时，内心所承受的罪恶、屈辱和自我厌恶之情。毫无疑问，许多妇女无法在二者之间做出选择。根据一位德国外交官的报告，1937~1938年，“数不清”的中国妇女投江自杀。
然而我们知道，在南京大屠杀期间一不小心就会成为强奸的受害者。日军强奸各个阶层的南京妇女：农妇、学生、教师、职员、工人、基督教青年会职员的妻子、大学教授甚至尼姑，其中有些妇女被日军轮奸至死。日军还经常有计划地在南京打家劫舍，把男人拖出去杀死，同时借机搜寻中国妇女。事实上，一些日本士兵挨家挨户地搜查，索要钱财和“花姑娘”。
