其次，转移到重庆的政府官员带走了大部分先进的通信设备，因此军队各部之间无法进行有效联络。
再次，中国军人来自全国各地，相互之间连面对面的沟通都有语言障碍。一位当时在南京做护工的人回忆说，中国军医说粤语，而士兵们却说普通话，这种情况在医院导致了无穷无尽的混乱。
最后，军队中有很多“士兵”是在一夜间成为军人的，他们并非自愿从军，而是被从乡下抓壮丁或强行征召入伍的。相当多的人在来南京之前从未持过枪。由于弹药短缺，所以极少被浪费在教新兵如何射击上。那些有作战经验的士兵大部分也都是刚从上海前线撤退回来，他们饥肠辘辘，疲病交加，多数人精疲力竭，甚至无力完成在城中修建掩体和挖掘战壕等必要的防御工作。
最糟的是，中国士兵几乎没有凝聚力和目标感。在一份关于南京战况的报告中，一位中国军官注意到，每当中国军队占领一个阵地后，就会显得无所事事，宁愿虚度时光也不会主动帮助正在附近与日军交战的其他中国部队。显然，指挥官们的情况也不尽如人意。该报告注意到，中国指挥官们彼此之间缺乏信任，正因如此，日军得以从一个阵地推进到另一个阵地，将中国军队各个击破。
12月9日，日军飞机开始在南京附近空投松井石根起草的招降传单。传单写道，“保护无辜百姓和城内文化遗迹”最好的办法是投降。传单上允诺日军将“冷酷无情地对待反抗的人”，但会“仁慈宽厚地对待非战斗人员和对日本没有敌意的中国军人”。传单要求守卫南京的军队在24小时内，即在第二天中午之前必须投降，“否则，将使用一切可能的战争恐怖手段”。
唐生智在公开场合对日本这一最后通牒的条款表示极度愤慨。他把传单掷到地上，并口授了两道命令，传达给所属部队。第一道命令是，严禁部队临阵脱逃。“我们的部队必须誓死奋战，保卫前线的每一寸领土。如果有人胆敢不遵守命令，擅自撤退，必将受到严厉惩处。”第二道命令是，严禁任何军事机构私自用船渡江。任何军事机构拥有的船只都必须移交运输部统一管理。唐生智指派第78军负责指挥和处理运输事宜，并警告说，任何将船只用于私人目的的军事人员，一经发现，必将严惩。
