下午3点半，各连队指挥官召开会议，就如何处理战俘问题交换意见。经讨论决定，把战俘平均分配给各个连队（第一、二、四连），以50人为一组，从关押地带出去处决。第一连在驻地以南的庄稼地执行，第二连在驻地西南的低洼地执行，第四连在驻地东南的庄稼地执行。
要在战俘关押地周围严加守卫。绝对不能让战俘发现我们的意图。
各连队必须在5点之前准备完毕。5点开始执行任务，7点半之前执行完毕。
该命令包含着一种残忍的逻辑。日军无法向战俘提供食物，所以必须将他们消灭。杀掉战俘不仅可以解决粮食问题，而且消除了报复的可能性。毕竟，死去的敌人无法组织游击队。
然而，执行命令却是另一回事。12月13日拂晓，当日军突破南京城墙之后，他们进入的是一座人数远远超过自身军队人数的城市。历史学家们后来估计，当时大约有50多万平民和9万中国军人受困于南京，相比之下，进攻南京的日本士兵只有5万人。中岛将军明白，屠杀成千上万名中国战俘绝非易事：“处置1千、5千或是1万名俘虏，即便只是解除他们的武装都极为困难……如果他们想闹事的话，后果将不堪设想。”
屠杀战俘
由于人力有限，日军很大程度上依靠欺骗策略处置战俘。这种大规模屠杀战略包括以下几步：先是向中国人假意许诺，只要停止抵抗就可以获得公正待遇，哄骗他们向日本占领军投降，然后将他们分成100~200人的小组，最后将他们诱拐到南京近郊的不同地方杀害。中岛希望，大部分战俘会由于进一步抵抗无望而失去信心，从而服从日本人的任何指令。
所有这一切比日本人的预想更容易实现。中国人只进行了零星的抵抗，事实上，这些抵抗几乎可以忽略不计。当日军围攻南京时，许多中国士兵丢下武器，试图弃城而逃，后来乖乖投降以求得较好的待遇。一旦中国士兵缴械投降并束手就擒，剩下的事情就如日本人所愿了。
