当时，这似乎是一个微不足道的人事异动，但后来的事实证明，这对成千上万中国人的性命产生了决定性影响。
当时日本军队内部究竟发生了什么，外人很难知悉，因为许多细节是多年后松井石根和他的同僚在战犯审判时交代的，或是由不可靠的消息来源提供的，因此在引用时须格外谨慎。但如果他们的证词可信的话，当时的情况大致如下。松井石根对这个新来的皇室成员存有戒心，也担心部队滥用权力，于是对进攻南京的部队发布了一系列道德命令。他命令自己的部队在距离南京城外几公里处停下重新整队，只有少数纪律严明的队伍可进入南京，完成占领。这样，日本军队“在中国人面前表现出色，从而赢得他们对日本的信任”。他还召集参谋人员到他病榻前开会，并宣布：
皇军进入外国首都是我国历史上的一件大事……必将吸引全世界的关注。因此，进城部队必须严守纪律……要让他们事先知道需牢记的事项，以及南京城内外国人的权益所在地，绝对不能抢劫他们。必要时，安排岗哨。抢劫和纵火，即使是无心之失，也将严惩不贷。要派宪兵队和辅助宪兵队同部队一起进城，以防发生不法行为。
然而，正在其他地方酝酿的不法事端却超出了松井的控制。12月5日，朝香宫乘飞机离开东京，3天后到达前线。在南京东南方向约10英里的一座废弃的乡间别墅里，即距离战地指挥部不远的地方，朝香宫会见了他在巴黎时的同事中岛将军，中岛左臀部受了皮肉伤，正在康复中。中岛告诉朝香宫，日军将包围南京附近约30万中国军人，而且初步谈判表明他们打算投降。
据说在朝香宫听取报告之后，他的指挥部就发出了一系列盖有他私人印章的命令，并标有“机密，阅毕销毁”的字样。现在我们知道，这些命令明白无误地指示“杀掉所有俘虏”，但我们并不清楚这些命令是不是由朝香宫本人发出的。
日军进入南京后，消灭所有中国战俘的命令已不仅仅停留在文件上，而是已经传达到下层军官。1937年12月13日，日军第66师团接到如下命令：
师团战斗通讯员2点接到师团司令官命令：奉本旅指挥部命令，所有战俘必须全部处死。处决方法：将战俘分为12人一组，分别枪决。
