到了俄罗斯，蒲安臣向沙皇亚历山大二世呈递国书。会谈中俄国人竭力回避中俄领土纠纷等实质问题，蒲安臣是代表中国与沙俄进行交涉的，亚历山大二世却在会谈中大谈俄美关系，令蒲安臣十分尴尬。看到自己的努力没有取得实质性成果，蒲安臣心情郁闷，加之一路鞍马劳顿，体质下降，无法抵抗俄罗斯的严寒，于会见次日病倒，被诊断为急性肺炎。
一周后，蒲安臣在圣彼得堡去世，享年50岁，成为一个为中国外交以身殉职的美国人。随行的交涉大臣志刚叙述道：“查蒲使为人明白豪爽，办事公平，而心志未免过高，不肯俯而就人。一遇阻碍，即抑郁愁闷而不可解；兼有水陆奔驰，不无劳瘁。受病已深，遂致捐躯于异国。”
作为担任中国首位外交使臣的美国人，蒲安臣的出使得到了西方列强不借修约干涉中国内政的承诺，清政府也相对平安地度过了60年代末的修约危机，可谓不辱使命。当他去世的消息传到北京，清政府深表痛惜，不久便颁布上谕，称“该使臣远涉重洋，不辞劳瘁，办事诸臻妥协”。为酬谢蒲安臣担任驻华公使时“和衷商办”及出使期间为国家效力，清政府赏给蒲安臣一品衔，并赏银一万两，由出使经费项目中拨出，交给蒲安臣家属，体现了清政府的人情味。
美国著名作家马克·吐温就蒲安臣的逝世写了如下悼词：“他对各国人民的无私帮助和仁慈胸怀，已经越过国界，使他成为一个伟大的世界公民。”今天，在美国加州旧金山附近和堪萨斯州，各有一座以蒲安臣命名的城市，加州的蒲安臣市建立于1909年，是一个华人聚居的地方。
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