三峡工程对生态环境的影响，一直是备受关注的焦点问题之一。在所有报道中，几乎都是一面倒地赞扬。这份建议引起了国务院领导和国家环保局的重视。邹家华副总理作了批示：“我想向长江排污造成江水污染，即使没有三峡工程也是存在的，造了三峡工程以后，由于流速降低，这个地段污染的后果反映为加重。因此污染问题一定要引起重视，要研究措施，有计划、有步骤地予以治理。”并请有关地区和部门的负责人参阅。
这份内参经邹家华副总理批示后，为后来建设三峡库区水环境监测系统发挥了积极作用。国家环保局在重庆召开了相关会议，这份内参作为会议的参阅文件。会后决定建立三峡环境监测网。
此后，随着三峡工程的建成并蓄水，1993年“预言”的库区污染加重引起的生态问题，已经被证实--在此期间，国家对三峡库区各城市污染的治理，投入了大量的资金，但污染加重问题并未根本解决。
2001年7月，国务院总理朱镕基就长江上游和三峡库区的生态环保问题说：“由于长江上游生态环境保护不力，天然林保护工程以及退耕还林工作没有跟上，水土流失严重，泥沙大量流入长江，污染问题也很突出。目前，仅重庆段每年向长江排放污水就有约13亿吨，其中生活污水3亿多吨，工业污水近10亿吨，生活污水处理率只有10%；工业固体废弃物每年排放为743万吨，其中危险废弃物达40万吨；累积堆放在长江两岸的废弃物达3000万吨，175米水位线以下生活垃圾堆放量达250万吨，这在蓄水前都需要清理。重庆是四川盆地的最低点，是个‘漏斗口’，长江上游流域包括四川和云南、贵州的一部分，排放的废弃物和污水都要流入库区，数量相当惊人。另外，还有流入库区水域的大量化肥、农药和其他有机质。如果不加以治理，将来三峡库区的生态环境势必严重恶化，变成‘臭水坑’‘垃圾塘’。加强长江上游生态环保建设，治理库区生态环境，必须加大投入。”（《朱镕基讲话实录》，第四卷）
——我写这篇内参的1993年，重庆年排入长江的生活与工业污染只有5.5亿吨，到总理讲话时的2001年已经增加到了10亿吨。而2012年呢？
2005年，水利部副部长索丽生说：“库区水体的纳污能力随着三峡水库蓄水位升高而不断降低。蓄水前，三峡库区水体的自净能力较强，纳污能力大于现状污染物排放量，水质能满足水功能区的相应要求，但随着蓄水位的增高，水流流速降低，水体自净能力下降，纳污能力变弱，当蓄水位为135米时，三峡库区水体能容纳的COD（化学需氧量）就已小于现状排污量；而当蓄水位达到175米时，三峡库区水体能容纳的氨氮，也小于现状排污量。这充分说明，尽管闸坝本身不产生污染物，但闸坝会降低水体自净能力，从而使污染问题凸显。三峡库区的水质监测表明，三峡工程蓄水以来，一些支流和库湾多次出现‘水华’，而且出现频率呈增加趋势。一座大坝可产生如此影响，淮河流域5400余座水坝会加剧淮河污染也可以理解了。”（索丽生：《闸坝与生态》，《中国水利》，2005年第16期）
