2006年7月7日，温家宝总理签署了第471号国务院令，公布了新修订的《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》。几天后，即7月13日，新华社又发布了《国务院关于完善大型水库移民后期扶持政策的意见》（国发［2006］17号文件），国家对水库移民政策作出了重大调整。全国2288多万大中型水库的农村移民，按照每人每年600元的标准，每年需筹集后期扶持资金137.3多亿元。山高坡陡地少，如果采用原来三峡工程通过时，全部就地后靠的方案来安置移民，就很难完全避免重蹈覆辙。
三峡库区部分移民外迁方式，也不是当初决策者自觉规划出来的路径。1994年11月2日，朱镕基副总理在考察长江三峡工程后，曾经尖锐地指出三峡移民问题“事先没有规划，也没有迁移一个城市的经验”。（《请注意防范三峡工程建设的风险》，见《朱镕基讲话实录》，第二卷，人民出版社，2011年）
作风硬朗，敢讲真话实话的朱镕基，正是在三峡工程大干快上的大好形势中，提出了“绝对不要认为三峡工程风险不大，否则我们可能要犯错误”。他认为，第一个风险是资金很大，“我们搞了三峡工程不可能替代一切，你上，别人也要上，这个总规模是否承受得了”；第二个风险是移民；最后一个风险是泥沙。
朱镕基说：移民“这个风险大得不得了。因为我们已经有教训了。如新安江电站的移民，40年过去了，问题还没有解决。三峡工程100万以上的大移民，而且60%是城市人口，这个钱不知道怎么花，公用设施、城市建设等等不知道要花多少钱。农民安置，每户3万元钱绝对够了；城市工厂的搬迁，真不知道要花多少钱。……现在看起来，农民的搬迁要分三个层次。第一个层次是尽可能就地后靠。现在到实地看了以后，我觉得对这一点估计过高，因为无地可退，无后可靠，勉强怎么行呢？把山挖得一塌糊涂，植被也破坏了，这是不行的。因此要考虑第二个层次，在省里面安排，往人稍微少一点的地方，地稍微多一点的地方安排，这个不靠省长根本不行。”
--三峡很多地方实际上“无地可退，无后可靠”，这些陆院士们不是系统对移民方案“论证”过的吗？本来认识到这点，并不需要极高的政治智慧和专业才能，只要为移民今后的生产生活设身处地想一想，便会心生忧虑，诚惶诚恐，责任重大。可为什么要等到正式动工之后，移民搬迁开始二三年之后，才一眼看出这个问题来呢？
朱镕基副总理还着重指出了长江存在生态环境破坏的风险。他说：“最后一个风险是泥沙。建三峡工程的泥沙问题究竟有多大？现在，长江已经不是长江了，比黄河还要黄，成了‘黄江’。一年有多少泥沙往下泄，说法不一，有的说是9亿吨，还有的人说是6亿吨。泥沙问题对大坝有什么影响？对河流生态环境有什么影响？我只是提醒你们，这个问题还是有一定风险的，要很好地研究。说到底，上游植被的状况要是不改变的话，对大坝是没有好处的，任何技术方法恐怕也难解决。根据我们的经验，上游的植被至少50年内难以彻底改善，我们已经搞了40年，植被究竟是改好了还是改坏了，长江的泥沙含量就是证明。我们现在就要重视这个工作，最后还要等树都长起来，没有几十年是不行的。所以，我觉得泥沙总还是个问题，要继续研究。”
