紫坪铺特大型水库，本身就建在龙门山断裂带。断层发育，破碎严重，地壳十分脆弱。龙门山三条主断裂带间有多条小断裂沟通相连。--这也是这次强震主要发生在中央断裂，而龙门山前断裂，即江油-灌县断裂也同时出现破裂的原因之一。
地质学家范晓在《汶川大地震地下奥秘》（《中国国家地理》，2008年6月）一文中说：“我国曾总结了可能产生水库诱发地震7项定性标志：一、坝高大于100米、库容大于10亿立方米；二、库区有活动断裂；三是库区为中新生代断陷盆地或其边缘，近代升降活动明显；四、深部存在重力梯度异常；五、岩体深部张力裂隙发育，透水性强；六、库坝区历史上曾有地震发生；七、库坝区有温泉。上述7条，符合的条数越多，该水库蓄水后诱发地震的可能性就越大。紫坪铺水库符合了上述7项中的前6条。”
范晓认为，紫坪铺水库所处的地质构造相当令人担忧。水库大坝下距龙门山主边界断裂（都江堰-江油断裂）在地表的出露迹线仅2公里左右，库尾淹没线上距龙门山主中央断裂仅约500米，库区还有与这两条主干断裂平行的密集断层通过。原本由北而来的岷江，在漩口附近形成了90°的突然转折，顺应断层破碎形成的软弱部位，变为西南-东北走向，形成了漩口至大坝这段主要蓄水区，平均水深百余米以上。条带形的水库蓄水区，与龙门山断层带走向重合，成“构造次成河段”，从而使水库蓄水和断层有了最大的接触面积。库区分布的岩石，主要为石炭系至三叠系的石灰岩，二叠系至三叠系的砂岩、泥岩、煤层。这些岩层本身多具有不良的工程地质特性，在断裂的作用下，又发生了渗水性强的较多破碎。
对地震波的分析表明，地震由震中映秀附近的断层发生突然破裂开始，使断裂沿着龙门山主中央断裂的界面迅速扩展，同时也使两侧的前龙门山断裂和后龙门山断裂加速运动变形，断层破裂的长度达300公里左右，其中约有200公里是由震中向东北方向延伸，而向西南方向扩展的距离较短。破裂延伸扩展的速度高达每秒3.1公里。所到之处像一只无形的手在摇撼大地。断裂带上的房屋、道路、桥梁，毁坏极为严重。汶川5·12大地震后，上万次余震震源，密集地分布在长达350公里的多条断裂带上，远达四川、甘肃和陕西的边界地区。
其实，在岷江梯级开发展开之初，不少专家就已经对紫坪铺水库提出了质疑。
四川地震局高级工程师李有才和四川地矿局物探大队高工曹树恒，2002年初研究四川震情时，偶然看到《四川岷江上游紫坪铺水库枢纽工程基本烈度复核报告》后，立即感觉到事关重大。他们合作对该区地震地质、新构造、深部地球物理、历史地震、古建筑等进行深入研究，获得了许多新的丰富资料。
