胡宝玉的死成了袁世彤的终生遗恨，他心中对袁世凯恨得咬牙切齿，决定终老林泉。等到袁世凯成为封疆大吏，袁世彤也没有出来做事。当袁世凯任山东巡抚时，正值义和拳开始动乱，京津一带谣传袁世凯要把山东据为己有。袁世彤于是上书给河南巡抚景星，请他转告荣禄，说他从来都不知道袁世凯的所作所为，如果袁世凯将来欺君枉法，请不要牵连到他。景星知道他们兄弟之间不和睦，便没有向荣禄转达。等到袁世彤听说官员上奏折弹劾袁世凯时，他又重新上书给朝廷，并写信给袁世凯，劝袁世凯转行，这封信刊载在《 大公报 》上。顽固派将此作为口实，写到了奏章中。清廷认为，袁世凯的胞弟竟然这么说，也有所触动，于是撤掉了袁世凯的兼职，但清廷仍存疑虑，又把袁世凯调回北京做了京官。节录袁世彤给袁世凯的家书，以资考证。书云：
兄弟不同德，自古有之。吾家数代忠良，数世清德，至兄则大失德矣。二十年来，兄所为之事，均与母命相背，朝中劾兄之折盈尺，皆痛言兄过。兄抚心自问，上何以对国家，下何以对先人？兄能忠君孝亲，则为吾兄；不尔，则非吾兄也。弟避兄归里于兹十载矣，前十年或通信，后十年片纸皆绝。今关乎国家之政，先祖之祀，不能不以大义相责也。兄显达后，一人烹鼎，数人啜汁，然弟独处僻壤，始终不敢问津。兄为总督，弟为匹夫，兄固不加爱，弟亦不敢妄邀。挑灯织履，次晨市之，虽然清苦，犹荣于依托老哥为人指责曰：此某弟也，某爪牙也。弟视大义如山岳，富贵如浮云，惟谨守父母遗训，甘老林下。辛丑春，弟曾上书于河南巡抚景公，祈转禀荣相，以朝中无能制兄之人，恐将来尾大莫掉，莫若解其兵柄，调京供职。正所以保存功臣之后也。其言昭昭如在目前，今日之后，但愿彼苍有灵，先祖有功，兄能痛改前非，忠贞报国，则先祖幸甚，阖族幸甚。临笺挥泪，书不尽言。
清光绪三十三年（ 1907 ）七月二十七日，廷谕：
外务部尚书著袁世凯补授。钦此。
同日又奉谕云：
大学士张之洞，外务部尚书袁世凯，均著补授军机大臣。钦此。
第六节 混在军机的日子
袁世凯接到诏书后，即刻上疏请辞，并私下里请庆王替他设法说情，但是朝廷却不允许。袁世凯这次请辞是真心的，为什么这么说呢？从表面上看，从总督到军机处是属于越级提拔了，且转瞬之间就可被拜为中堂，位极人臣。但是袁世凯不愿意入军机处的原因有三点：第一，袁世凯自知自己文化有限，军机处要经常拟旨，所以自己不能胜任；第二，袁世凯自己任北洋大臣一职时离皇帝很近，权力不比军机处小，而且他经营多年的新政此时已初具端倪，自己不忍放弃；第三，军机处地位虽然很高，但是俸禄很低，袁世凯任北洋大臣一职时间很久，但是却没有什么财产，反倒有些欠款。因为以上的种种原因，所以袁世凯的请辞就显得更加迫切。
