不过，中日甲午之战结束后，虽然独揽大权的慈禧太后继续令李鸿章担任直隶总督一职，但也不得不削减其手中的权力。慈禧太后对李鸿章的海军、陆军防御体系的瓦解非常失望，对《 马关条约 》的签订所导致的耻辱异常恼怒。之后革命派开始有所行动、戊戌变法也如火如荼地开展起来，满人与汉人由此而明显地分化为两个对立的阵营，各自筹划宫廷政变的发生，所有的事件均在1900年爆发的义和团运动中会聚为高潮。于是慈禧太后将所有的事情均理所当然地归咎于清政府权威的丧失，而造成清政府权威丧失的原因则直接是甲午战争的失败以及《 马关条约 》的耻辱。慈禧太后是一个难以主宰自己情绪的女人，她的想法注定会受到李鸿章同日本的伊藤博文签订《 马关条约 》这件在全国造成巨大轰动的事件的左右。地方各省全部的高级官员，无论满汉，均不谋而合地提交请愿书，要求政府反对《 马关条约 》，继续与日本殊死作战。刘坤一尽管已经年老体衰，但仍旧愤怒异常地挺身而出，声称如果要将中国领地割让给日本，除非他战死沙场。但是实际上，当年的中国已无任何力量继续进行战争。
张之洞多年来一直与李鸿章格格不入，他批驳说，李鸿章在三年之前还因为所谓的忠心耿耿的爱国情操而被国人虚伪地称颂。甚至有数封密奏以“警示背叛国家者”为理由请求判处李鸿章及其主要党羽以死刑。虽然慈禧太后极为恼怒，不过她对李鸿章这位政治家仍旧十分信任，这是由于李鸿章已经怀着毋庸置疑的忠心耿耿的爱国情操替她奉献了几乎40年。她并未恢复李鸿章直隶总督的职位，不过仍旧采取措施使李鸿章暂无性命之忧，并替他在别的地方安排了职位。
1896年，李鸿章被任命为特使，奉命出席沙皇尼古拉二世的加冕典礼，毋庸置疑，此事是由俄国大臣提议，经慈禧太后一手策划的，其真实动机则为，以此为契机令李鸿章逃出其政治敌人的控制范围，并为他提供一个自由呼吸的空间，以及一个挽回“丢掉的尊严”的机会。
