这一方法可以普遍地应用到一切主题之上，无论它们之间有什么差异：
我们一定不要以为某种知识比另一种知识更加晦暗不明，因为一切知识都具有同样彻底的性质，都只是由自明之物的联合构成的。
笛卡儿的方法的普遍性在他出版于1637年的《谈谈方法》中得到了强调：
只要我们不把假的当成真的加以接受，并且一直遵守由此推彼的必然次序，就不会有什么东西遥远得我们根本无法达到，隐蔽得我们根本发现不了。
因此，在笛卡儿看来，一切知识都在于自明的直觉和必然的演绎。我们要把复杂的晦暗不明之物分解为简单自明之物，然后以有序的方式把产生的个体结合在一起。为了进行认识，我们必须把“简单性质”、直觉对象隔离开来，“以坚定的心灵分别对它们加以审查”。然后，我们再以演绎之链把它们结合在一起。为了创立其他对象，这些简单性质要结合起来，而整个人类知识就在于对这种结合方式的清楚知觉。
笛卡儿式的理性分析，还有一个更深的形而上学维度。在阐明获得确定知识的过程中，笛卡儿认为他所揭示的，是所有科学的统一性、知识的统一性。在他看来，这与思想自身的秩序、与认识着的心灵的结构完全相同。而且，这一思想秩序显然被认为反映了事物的秩序。在《原则》中，直觉与作为它们的对象相关物的简单性质之间没有缺口。在后来的《第一哲学沉思集》（1641）中，可能的彻底怀疑在观念与物质世界之间、在心灵结构与它意欲认识的实在结构之间打开了一个缺口。不过，借助于一个诚实可靠的上帝，这一缺口得到闭合。一个个体心灵通过对思想性质的反省，最终获得上帝赋予和保证的普遍理性，从而获得实在本身的结构，因为根据笛卡儿的理性主义，它与心灵的结构等同。
理性与实在之间的这种同构，因其建基于一个诚实可靠的上帝，从而给了理性一种准神性的品质。理性是上帝灌注给人的神圣火光。这是把人的理性能力当作神性的反映那一观念在十七世纪的样式，根据这种观念，人是根据上帝的形象被造出来的。
笛卡儿的理性分析的另一个特征在这里至为关键，那就是它把他那心灵与物质之间的对立联结了起来。笛卡儿方法的基本单位是分离的、锋利的和自足的心灵项目。这一点在他后来的著作中甚至变得更加明确。知识的工具是清楚的、边界分明的心灵状态，彼此之间完全分离：
