你的体内存在着比活细胞还多的益生菌。它们在健康的消化道内会活跃繁殖，在不健康的消化道内则无法存活。因此，当你的消化机能改善，再为你的消化道补充正确的菌群，情况便会大为不同。那些菌群是被称为“人体正常菌群”的嗜酸乳杆菌（acidophilus）与比菲德氏菌（bifidus），它们的作用比来自于乳品和酸奶的菌群更好。若你有喝酸奶的习惯，最好选择以乳酸菌和比菲德氏菌制造的产品。这些益生菌对你的消化道、免疫系统和全身健康都有好处。若你之前曾因感染而服用抗生素，便有必要为你的肠胃补充益生菌，因为抗生素会杀死益生菌，使得肠胃必须花好几个月才能恢复，况且益生菌也能预防腹泻。
体内的生态系统
益生菌对消化道健康至关紧要，而肠壁和益生菌之间会进行许多沟通。爱尔兰库克大学营养药物中心（Alimentary Pharmabiotic Center at the University of Cork）的弗格斯·夏拉罕（Fergus Shanahan）教授便表示：“它（消化道的生态系统）具有接收信息的受体，而来来去去的信息都须经过整合与组织，因此它也具有记忆和学习能力。”就如其他感官一般，若消化道的生态在一个人出生时没有妥善建立起来，也没有得到必要的刺激，它的运作就会出问题。“婴孩出生时，得自母体的益生菌便会留在他的消化道内开始存活繁衍，若是剖腹产，这个过程就可能延缓。”他说，“若接下来没有受到某种感染的刺激，致使免疫系统的反应力无法完整建立，最后便可能导致我们在肠躁症病例中所看到的慢性发炎。”
事实上，消化系统菌群失衡所导致的后果可能更糟。最近的一项研究指出，全球暖化对物种消长的影响，也可能在人体内发生。就如我们大量消耗资源会使地球暖化一般，现代人饮食的失调、分娩方式的改变、居家环境太常消毒灭菌与抗生素的滥用，这些因素加起来，都会大大改变我们消化道内的菌群生态──这很可能是近年来过敏和自体免疫疾病的病例急遽增加的原因之一。
压力
压力也会改变消化系统的平衡，使其变得较适合大肠杆菌、链球菌等病原体存活繁殖，而繁殖速度较缓慢的乳杆菌和比菲德氏菌则变少。因此，若你的母亲是通过剖腹产生下你，又没有进行母乳哺育，再加上你小时候常服用抗生素，后来生活中又遭遇极大的压力，那么补充益生菌应该能帮助你将消化道的免疫系统重新调整到健康状态。
益生菌的好处
最近的一项研究报告显示，即使只补充一般的益生菌，也能对肝脏、血液和排尿产生多种正面的生化效应。这项研究报告的作者，伦敦帝国理工学院（Imperial College）的杰瑞米·尼可森（Jeremy Nicholson）博士表示：“我们已证实益生菌能改变肠道内所有微生物数量的消长。”动物实验也发现，益生菌可避免直肠癌的生成。英国瑞丁大学（Reading University）的伊恩·罗兰（Ian Rowland）教授表示：“有确切的证据显示，益生菌能减少老鼠消化道内的有毒物质，也有相当可信的证据显示，它们能减少老鼠身上的癌前细胞转变成癌症的概率。不过我们目前还无法在人类身上进行全面的对照组实验，来证实它们确实能降低患癌的风险。”
