科学方法无法证明吸烟是肺癌产生的原因。肺癌的原因至今未明。
——帝国烟草公司（ Imperial Tobacco）官方文件
当你质疑某人的论点，并要求他对此“进行证明”时，这看起来是一个公平的挑战。按照通常的理解，这就是我们把握事物的方式。问题在于，一个充足的“证据”几乎总是给不合理的质疑留下了空间。
对确定性的追寻至少能追溯到柏拉图。在《理想国》中，柏拉图明确表示，最高形式的知识是关于确定性以及永恒不变的真理。绝对的确定性从此成为很多哲学家的目标。然而，今天很少有人会认为在大多数的人类知识领域中获得绝对的确定性是可能的。大卫 .休谟对于“事实问题”与“观念关系”所做的区分在这点上非常有用。观念关系包括了数学、逻辑以及完全由定义构造的命题；事实问题则包括了关于现实世界的所有真理。休谟指出，我们不能通过严格的演绎方法——就像在数学中使用的那样，来建立现实的真相。进而言之，过去的经历提供了这些真相的证据，这些证据在逻辑上并非滴水不漏，但足以让我们做出判断。
我们来看一个关于水的沸点的简单例子。从逻辑上说，水在100℃时沸腾并非来自于以往的事实（这当然会受到水的杂质及气压的影响），也不意味着水必然会在 100℃时沸腾。但这无关紧要，因为现实世界并非是按照严格的逻辑演绎方式建立起来的。或者说，这种现实是通过概括，从过去的经验中获得的。正如史蒂芬·杰伊·古尔德（Stephen Jay Gould）所说：“在科学中，‘事实’仅仅意味着‘在某种程度上确认保留临时同意的意见’。我假设明天苹果开始往天上飞，但是物理课堂可能不是说这番话的恰当场合。”任何事实都能受到质疑，这是显而易见的。对于那些非常确定的真理，我们一旦接触到具有压倒性证据的事实，而这些事实又不足够的时候，问题就会变得模糊。例如吸烟与肺癌的关系，虽然有证据表明吸烟就是导致肺癌的主要原因，但是对那些要求更高标准证据的怀疑论者，还是留有可能的余地去宣称目前尚未找到恰当的科学证据——因为并非所有的其他解释都已经被排除了，所以吸烟可能根本就不是导致肺癌的主因。
我们不要被以上的诡辩所迷惑。“其他的解释也具有逻辑上的可能性”这一事实，只是转移话题（red herring）而已。科学有时候是会出错，这并不是新鲜事：科学从本性来说就是难免犯错的。要求科学不犯错，就违背了亚里士多德明智的戒律——对事物精度的要求不要超出它本身。像伏特加酒的行家一样，真理的追寻者不能等待100%的证据，我们必须允许少量的不确定性的存在。只有存在合理怀疑，才能使我们对之前的结论产生动摇，但绝不是随便什么质疑都会使我们对结论动摇。