第三阶段是投资体制改革阶段。改革开放以来，国家对原有的投资体制进行了一系列改革，打破了传统计划经济体制下高度集中的投资管理模式，初步形成了投资主体多元化、资金来源多渠道、投资方式多样化、项目建设市场化的新格局。但是，现行的投资体制还存在不少问题，特别是企业的投资决策权没有完全落实，市场配置资源的基础性作用尚未得到充分发挥，政府投资决策的科学化、民主化水平需要进一步提高，投资宏观调控和监管的有效性需要增强。最近几年随着改革的不断深化，为了使投资、建设、管理、使用等职能合理分离，使管理更专业化、规范化，国务院决定进一步深化投资体制改革，于2004年发布了国发［2004］20号文，即《国务院关于投资体制改革的决定》。“代建制”就是我国各省、市、地区经过探索而发展出的针对政府投资项目的新型管理方式，目前正在试行中。
这种代建模式按管理机构的性质可分为政府机关型、事业单位型、企业型多种形式。
（1）政府机关型。即由政府主管部门直接负责工程项目建设管理。在政府投资项目要统一采购、统一核算、统一建设的改革思想指导下，成立“统建办”。“统建办”担任政府投资的非经营性重点工程的业主，负责政府投资项目的统一建设与管理，将原属于各政府机构的建设项目统一进行管理、建设，并撤销设在原政府分属机构的基建处。统建办不经手资金，而是在工程图样经审查、投资总量经批准后，由施工单位报工作量，监理单位现场代表审查签字，报主管财政部门，财政部门直接拨给施工单位。工程的质量评定由各级质量监督站进行，质监站进行全过程质量监督。工程完工后，统建办向使用方交钥匙。
（2）事业单位型。即政府设立专门的事业单位，从事建设项目的管理——在建设主管部门下设专门的项目建设管理公司，这类公司为非营利性机构，专门负责对政府投资的部分市政基础设施项目的实施管理。
（3）企业型。即在项目计划确定以后，由有关政府部门委托或招标选择的一家企业（项目管理咨询机构）代行业主职能。
