蒋为“三二○”事件向国民党中执会自请处分，不出意外地，中执会不但没惩处他，反而决议把革命大业交付给他。六月五日，蒋被任命为国民革命军总司令、北伐总指挥，一个月之后又接任中央执行委员会常务委员会主席。和孙中山一样，西方媒体自此即称他“Generalissimo”（委员长）。国民党中央组织部部长陈果夫和弟弟陈立夫，以及一向提携蒋的张人杰联手清共，拔掉多数共产党人所担任的各级党务主管工作。陈果夫也开始派出手下秘密小组渗透进工会、农会甚至军中政工干部。
此时蒋早日发动北伐的想法更加坚决了，他预计一开始若能连番告捷，政界、学界和企业界就会团结起来都支持他。他也晓得，虽然苏共、中共都认为他只是“刚刚蹿起的无名小卒”、“自封的拿破仑”，可是他一旦发动北伐，他们别无选择，就只能支持他。蒋有第一、第七和第四三个军的实力，承担了北伐一路激战的主要任务。除了第一军外，其他军都有军阀部队的背景。六月间，反国民党的湖南军阀中，最大一个师的师长唐生智率部倒戈，被授予第八军的番号。
蒋的策略是取湖南，占领往北近五百公里的长江重镇武汉，与左倾的军阀“基督将军”冯玉祥（以水管替官兵施洗，要他们信基督教而闻名）联合，再往北京推进。长沙的美国籍传教士医生菲尔?葛林（Phil Greene）在家书中提到，湖南有许多“小王国”割据，各有军事首脑和成群的游手好闲的士兵。事实上，湖南一省就有二十三个大小军阀，国民革命军北进，他们不是闻风而逃，就是加入革命军行列。蒋的军官宣称“所向无敌”。七月十一日，国民革命军在一大队青年学生尾随下进入长沙。次月某一天，湘雅医院（YaleinChina Xiang Ya Hospital）的外科医生葛林接到军方总部传话：“立刻派牙医来照料委员长。”湘雅医院受西式训练的华人牙医早已逃往上海，因此葛林亲自出诊。等了好几个小时后，“进来一名男子，身穿平常白衫、灰裤，中式鞋子”。葛林以为他是传令兵，问起名字，病人只说：“姓蒋。”葛林解释，他虽不是牙医，但可以替他拔牙。蒋说：“那就拔吧。”葛林说，蒋不像一般中国人“东问西问”，很干脆。三天后委员长在湘雅医院对面设立一所全新、设备齐全、两百张病床的军医院，所有的美国人都很佩服。这是可喜的兆头。葛林认为，或许梦想终能成真——中国恢复完全主权，重建自尊，欢迎愿意伸出援手的外国人。
蒋命令国民革命军立即进攻湖北。接下来的武汉争夺战，一向不怎么欣赏蒋的李宗仁，赞佩总司令“镇定地”站在前线，“不畏黑暗中擦身而过的子弹”。十月底，革命军已击溃湖北军阀势力，攻占武汉。同时，何应钦率领的第一集团军也绥靖福建，进入浙江。闽、浙两省军阀立刻宣布效忠国民党，蒋也立予收编。后来，蒋一再招降纳叛，来者不拒，后续的政治问题以后再头痛。这是孙中山的旧策略，它日后使蒋吃尽苦头，但是在这一刻，他觉得也别无他计。
北伐途中，蒋率本部参谋随主力部队行进，经常骑马，偶亦坐轿（因为根本没有卡车）。不论身在何方，蒋总是晨起静坐、运动。他每天早晨五点起床，先练拳术，用那种梦幻似的传统姿态慢慢地伸展、紧缩并放松他的肌肉，然后练习吐纳。面对每天的挑战，他总以曾国藩和王阳明为师，并参考古代兵学家孙子，思索他们会怎么做。
