这场瘟疫的杀伤力令人震惊，在瘟疫暴发一个月之后，君士坦丁堡已经没有足够的土地用来掩埋尸体了。查士丁尼下令将一些塔楼建筑上面的尖顶砸掉，然后把尸体扔进去，结果不到一周时间，塔楼也给填满了，后来无奈之下只能用船运到远海然后沉掉。结果由于海滩的尸体不断增加，竟然出现了大船被尸体搁浅的状况，现在想来令人不寒而栗。
在瘟疫暴发后，查士丁尼采取了一系列正确的急救措施，例如开仓放粮，缩减教师以及公务员的工资等。但由于疫情太过严重，这些措施虽然正确，却仍未起到明显的作用。在疫情暴发后一年，死亡人数开始呈几何级数增长，因为拜占庭是以小农经济为主的国家，疫情导致田地荒芜，造成了大面积的饥荒，这和统治阶层加重赋税造成的田地荒芜有着天壤之别。后者是带有幽默感的短期和局部性影响，前者则是真正的大范围荒芜。当下一个秋天来临时，全国几乎80%的耕地颗粒无收。如果这个时候东哥特王国（即意大利及克罗地亚一带）的残党前来复仇的话，那么拜占庭帝国只能坐等被灭。但要知道，病毒旅行是不需要签证的，因而敌人并未能够得逞，这恐怕是查士丁尼唯一感到欣慰的。
钱没赚到，奢侈品也没等来，整个帝国却险些被摧毁，这让查士丁尼欲哭无泪。这场瘟疫过后，查士丁尼便信奉了上帝，直到他去世。当这位伟大的帝王驾崩的消息传出后，举国的老百姓纷纷表示庆贺，喜悦的丧钟让这具余温尚存的遗体曾经自以为是的伟大顿然坍陷。
瘟疫的肆虐使拜占庭帝国滑向了衰亡的边缘，而在那些被查士丁尼耗尽国力勉强收复回来的疆土上，不同民族的人也开始纷纷闹起独立。瘟疫过去了，通胀和战乱又将在这片土地上蔓延开来。这个时候，教会成了老百姓的唯一寄托，在拜占庭政权走向没落的同时，教会顺势崛起，欧洲正式进入了黑暗的中世纪。
