另一种值得探讨的对中国刺激计划的批评是，它导致政府隐性债务大量增加，最后可能引发银行危机，威胁政府财政的健康状况。著名评级机构惠誉预测，贷款质量恶化以及刺激计划产生的过度信贷的结果是中国到2013年将经历一场银行危机，这种可能性为60%。但中国明确表示政府债务仍然较低，约占国内生产总值的1/5。由于刺激计划主要以银行贷款作为支持资金，而不是通过发行政府债券维持赤字开支来实现，因此政府显性债务（即财政部发行的国债余额）占国内生产总值的比重在2009~2010年实际略有下降。但是很多用于基础设施投资的中长期银行贷款流入了地方政府相关机构，也就是所谓的地方投资公司。尽管法律不允许地方政府贷款或者出现财政预算赤字，但这些地方投资公司获得的贷款是合法的，10多年来这一直是为地方基础设施建设融资的成功手段。
可是批评人士争辩道，2009年以后这些融资平台公司的贷款规模增长过快，它们可能没有能力偿还这些贷款，最终还贷责任将落在中央政府身上。这个观点并非不合情理。虽然很多情况下地方政府为地方投资公司提供贷款担保，但地方政府不可能有能力偿还全部债务，尤其是在房地产租赁和销售带来的地方财政收入将会减少的情况下。如果这种情况发生，最终中央政府也许不得不肩负起偿还地方融资平台公司很大一部分贷款的重担。因此，中央政府总债务不仅包括财政部国债余额，还包括这种隐性的地方政府债务，它远远大于通常所认为的国内生产总值的1/5。
政府总债务规模有多大？估计数字五花八门。被引用最多的估计是美国西北大学政治学教授史宗瀚（Victor Shih）做出的。他认为，2009年年末此类债务总额为11.4万亿元，几乎是6.5万亿元这一官方数字的2倍。
然而，这个估计值可能偏高。我们先考虑中央政府专门批准用于基础设施建设的中长期银行贷款。2008年和2009年这类贷款总计分别为1.1万亿元和2.5万亿元。如果我们假定所有这些基础设施建设贷款流向地方投资公司，并且2005~2009年5年间发放的此类贷款本金无一偿还，那么这些投资基础设施的公司的银行债务在2009年年底将达到5.666万亿元。这些企业也发行债券，据报道2009年它们共售出1 212亿元债券，略多于此前4年的发行总额。到2009年年末，银行贷款加上发行债券使地方投资公司的总债务接近5.9万亿元。
中国媒体引用巴曙松的话称，政府顶级智囊库国务院发展研究中心金融研究所认为，2009年年中地方政府投资公司债务超过5万亿元，是从2008年年初的约1万亿元一路攀升上来的。2009年下半年，地方投资公司用于基础设施建设的银行中长期贷款和它们发行的债券加上上半年超过5万亿元的债务金额将会使总债务达到6万亿元，这个数字非常接近刚才分析的自上而下估值。
