三年后，顾准被摘去“右派”分子帽子，在孙冶方等人的关心下，于1962年回到中科院经济研究所任研究员。可惜好景不长，又于1965年被第二次戴上“右派”分子帽子，下放劳动。紧接着，“文革”爆发，妻子汪璧（原名方采秀）也于1968年不堪磨难、自杀身亡。一年后，顾准才在河南息县的“五七干校”得知噩耗。日记中曾有这样的记载：“悼念亡妻，无法自己。64年前半生经历，处处与秀有关，此生所有一切欢乐场面，都是秀给的。这几天，梦中有时出现这样一二个欢乐镜头，醒来悟秀已离人间……”。
然而，下放劳动的顾准并没有停止思考，甚至冒着风险记下了大量笔记。更为难能可贵的是，1972年回到北京后，他立刻带病开始更加严肃认真的思考和研究，利用北京图书馆的有限资料，做卡片，写笔记，成就了数十万字的论著《希腊城邦制度》。其间，顾准与胞弟陈敏之的秘密通信，尤其闪烁着耀人的思想光芒，多年后被结集出版为《从理想主义到经验主义》。
顾准对希腊的研究，丝毫不是“发思古之幽情”，而是为了探索其自身所经历的现实问题，即所谓“娜拉出走以后怎样”的问题，也就是革命理想主义的种子为什么会结出专制主义的恶果这一重大现实问题。而与胞弟的通信，更是让多年后读到信件的王元化在为该书作序时写道，“许多问题一经作者提出，你就再也无法摆脱掉”，并承认在编集自己的书稿时，“由于作者这本书的启示，我对自己一向从未怀疑的某些观点发生了动摇，以至要考虑把这些章节删去或改写。这本书就是有这样强大的思想力量”。
抱病的顾准，终于带着他不支的身体，在1974年走完了他59岁的人生之路。而要等到十年之后的1984年，他的名字才因为早年在银行会计领域的成就而引起人们广泛的注意。还要再等上十年，他的思想价值才得到学术界和广大社会的认可和崇敬。比顾准年轻18岁的诗人邵燕祥后来诚挚地写道：1972年到1974年，顾准正以他孤独病弱之躯拿起笔来，就“娜拉出走以后怎样”的问题写下这些通信和笔记的时候，我却苟安于河南干校一角，后来又回到北京处在长期待分配中，因而自得地偷闲置散，无所事事，以为可以好好休息休息，从来没有想到过休息之后该干什么，更没想到同在一个北京城中，有像顾准这样的人不知疲倦地作着严峻的思考。我这种庸人心态，很像我后来嘲笑过的那些人：口口声声说要保存阵地，但在保存着的阵地上始终不放一弹。我有什么资格来谈顾准？诗人这篇题为《只因顾准的思想变成铅字》的发言，后来引发出李慎之进一步的感概，说顾准“给整个一代中国的知识分子挽回了荣誉”。
