第三厅在重庆总部开办的短期、小型训练班有：
一、助教人员训练班，也称为“梅乐斯训练班”，时间在1943年年初。这是为了配合梅乐斯开办的各个训练班而培训助手，也是为了协助美国教练。地点在一座小山顶上的“工”字形平房内。学员120人，训期3个月。
二、英语训练班，也称“女招待训练班”，主要是补习英语，培训服务人员。设在立人小学内（现康明斯汽车发动机厂内五灵观一带），学员二三十人，训期3个月。
三、气象人员训练班，一共办了五六期。设在杨家山后面的一列平房内，学员四五十人，每期训练时间6个月。
四、仓库管理人员培训班，教官为潘尼中尉。最初招收40名学员，一共培训了150名学员。
梅乐斯对仓库管理人员培训班的记载比较仔细，称其培训内容以美国海军的军用库房管理为基础，学习简化了的仓库管理课程。美国教官细心地将库存分类号码改为中文或图片教给中国人，一切都尽量做到严格规范化。这些学员结业后分配到中美合作所的各处中心和各处营地去工作。
这批学员中有两名年轻的中国学员，后来成为抗日烈士，他们的英文名字分别叫保罗、撒姆，被派到泰国去工作时，被日本鬼子抓住，遭受了极其残暴的酷刑，最后被残杀。
第四厅主管物资供应。跟所有后勤部门一样，这个部门充满着难题，集中了关于物资的所有矛盾。梅乐斯评价这个部门说：“除了对我们的头脑以外，什么都实施了限制，随时都有一些与这个部门有关的难题闯入进来。”最初由于物资匮乏，什么都供应不上。最感缺乏的是供收发报机使用的电池，最初半年里，从美国飞越喜马拉雅山运来给中美合作所的供应物资，超过三分之一都是电池。后来情况逐渐好转。
第五厅主管通信，主要为无线电通信，由美国人主持。中美合作所的工作完全依赖通信工具，总部里的美国人，有一半以上都派在电台工作，另外还有一些中国电务员。开始时只有一部借来的无线电收发报机，到1944年，当海军少校劳尔·鲁滨逊到来主持工作时，已经有了两部电台，重庆一部、昆明一部备用，都可以直接通报到华盛顿、旧金山和珍珠港。中美合作所为这两部电台配置了能力最强的电务员。他们后来还得到了拨号电话机。1944年，单是在总部电台收发的无线电通信，便有685,987组字之多（英文每5个字母分为一组），之后还越来越多。
