科学方法的基本程序在社会科学里和在自然科学里一样重要，社会科学家要做的事情有：仔细观察；归类和分析事实；归纳概括；提出解释归纳的假说，并对其加以检验。不过，他们的问题往往比自然科学家的问题更棘手。因为，社会科学家收集到的事实（如有关不同民族的文化）可能具有相似性，但每一事实又可能在某些重要方面是独特的，这类事实难以归类和阐释。况且我们已经指出，社会科学能够做出的归纳或制定的法则恐怕不如自然科学家那么明确和笃定。
我们很难找到支配社会生活较为准确的规律，这是由以下几种情况造成的：首先，社会生活中最重要的事情，如满足感、社会进步、民主等，是无法真正加以测量的；其次，社会极其复杂，在某一特定情境下，尽管我们经常可以发现导致此状况的最重要的几个因素，但我们很难、通常也不可能揭示出和估计到全部因素；第三，每一种社会状况都存在人为因素，社会事件的进程往往取决于少数领袖人物对此作出的反应，更何况如果不是在例行情况之下，我们就很难完全准确地预言个人的行为。
就算社会科学家最终的确找到了社会行为的一致性或“规律”，也成功地提出了假说对其进行解释，他们也还要面临另一个难题，那就是很难利用受控实验来检验自己的假说。在很大程度上，社会科学家必须借助细致的观察和抽象的思考过程来代替实验。研究者把某项因素从既定的状况中抽象出来，以便思考这项因素如果单独起作用的话，会对现状产生什么影响。为了实现这一目的，研究者要设想当前的其他所有因素都保持不变或不起作用，同时提出问题，比如说：如果影响经济生活的其他因素保持不变，那么提高进口商品的关税会产生什么样的经济后果？
假定所有其他因素保持不变，一个对情况了解透彻的社会科学家就可以正确地估计某个决定因素的作用。然而，要凭借这种方法得出正确结论，研究者不但要水平高超，还要在研究中狠下功夫，即便如此，犯错误的风险还是很大。如果要说社会科学家和自然科学家有什么不同的话，就是对社会科学家的能力要求更高，因为自然科学家的理论往往可以通过实验来证明对错，但社会科学家很少能这样。结果，令人遗憾的就是，社会科学领域更容易出现不必要的含糊其辞、固执己见和掩盖无能。
社会科学家也比自然科学家更难做到客观公正。社会科学家研究的是人，而他们自己也是人，所以就很难彻底抛开自己的好恶、同情、偏见和失意。因此，他们有时会陷入试图为自己的期望、信仰或偏见辩护的泥潭，而不是竭尽全力地去寻找真相。我们应当随时警惕那些装出社会科学家的样子，但实际上是在用宣传某种观念和领袖魅力来代替客观性与学术能力的人。
然而，这并不表示社会科学比自然科学更不科学，或者更不客观，它只不过是说，社会科学家必须持之以恒地防备这类陷阱，也必须尽可能地保持清醒和客观。
自然科学与社会科学的不同导致研究结构的些微差别。尽管没有一种理想的结构，但研究社会科学问题的合理步骤如下：
