后来王直到了双屿岛为许栋做管库。朱纨攻下双屿岛后许栋逃亡，王直被众人推举为首领，后前往日本当中国贸易的经纪人。其后王直帮助官府剿灭海盗卢七、陈思盼等，威望大增，徐海、叶麻、毛海峰、徐惟学等公推王直为“海上盟主”。
本来，王直以为以自己的功劳，官府会改变对他的态度，甚至“松弛海禁”，允许通番互市。然而，正当他与朝廷会商之时，参将俞大猷却率军前来攻击。王直带着满腔愤恨冲出包围逃到了日本。
在这件事情中，明政府的做法确实欠妥。本来，王直可以像后来的郑芝龙那样被招安，成为一支可用的武装。但明廷却以为“擒贼先擒王”杀了王直之后，就可以一劳永逸地解决其余海盗，殊不知海盗各个帮派之间的争斗并不比海盗与官府的斗争和缓多少。即使是王直的手下，同是徽商—海盗集团的一员徐海也是和他面和心不合。
但这并不能成为王直后来的所作所为可以被原谅的原因。逃到日本的王直，自立为王，自称“净海王”，出行模仿皇帝。嘉靖三十一年（1552年）他开始纠集倭寇侵扰东南沿海。他以日本为基地，抢劫商船、攻击大陆沿海地区，倭寇的许多行动都受其指使。东南沿海的倭寇之患之所以长期不能得到解决，其中就有这个原因。王直由一名官府的反抗者蜕变成了十恶不赦的民族败类。王直与被其雇佣的倭寇在闽浙粤三省沿海地区，大肆抢掠，无恶不作，成为明政府的心腹之患。
嘉靖皇帝命胡宗宪总督军务，在囚徒蒋洲的建议下，胡宗宪将王直的母亲、妻儿拘捕，家产田地没收。其后，蒋洲被封为市舶提举正使前往日本说服王直回国。嘉靖三十四年（1555年）九月，蒋洲从浙江桃花渡出发，两个月后到达日本的五岛。在会谈中，蒋洲说胡宗宪夸奖王直为“伟人”。1556年王直派人与胡宗宪商谈。王直的要求有三个：解除海禁，开市通商；至少被官封都督；释放一家老小。
胡宗宪表面上答应一切条件，但告诉王直须上报朝廷批准。同时命令戚继光、张四维伏兵海陆要津。王直被骗，于嘉靖三十六年（1557年）十一月登陆商谈，先被软禁后被送入狱中，与两年后的十二月二十五日被处死。王直被杀，妻子成为家奴，其家族成员、部众万人被杀。
