孔祥熙一面在蒋介石面前承认有问题，但同时紧急布置国库局采取应付措施。据传，傅斯年在国民参政会提出舞弊案的当夜，孔祥熙审问吕咸，盛怒之下，打了吕咸两记耳光。（《国库局同人致傅斯年函》，影印件，1945年8月8日）其后，就组织18个人连夜造账，对付审查。孔祥熙甚至向审查者出示蒋介石交给他阅看的检举资料。7月16日，蒋介石审读中央银行的审查报告，再次召见孔祥熙。当日日记云：“彼将余所交阅之审查与控案而反示审查人，其心诚不可问矣！”17日，蒋介石约见俞鸿钧及侍从室秘书、中央监察委员陈方，指示对舞弊案的“批驳要点”。17日，蒋介石接阅国民参政会通过的傅斯年等21人对中央银行，实为对孔祥熙的“弹劾案”，蒋介石自称“苦痛无已”。
停售后剩余的美金公债既由孔祥熙、吕咸等人私分，自然交待不出购券人的真实姓名等资料。7月13日，孔祥熙曾向蒋介石递交“关于美金公债销售情形之折呈及节略”各一份，以购券人“无可查考”相推诿。孔称“人民购买均系款债对交，至各户户名均系来人自报，按照售债向例，无须详细记载”。7月19日，蒋介石连致孔祥熙三函，其中第一函驳斥“无须详细记载”的说法。蒋称：
门市现款购债自可如此办理，但既称为认购户或预售户，而认购之户一不缴纳分文定金，二不填具认购单据，中央银行亦不给予准许认购若干之证件，三无确实姓名住址之记录，则停售之后，各认购户究竟凭何证据向中央银行交款取券？行方人员又凭何根据付给其债券？是否仅凭该认购户口头申报或人面熟悉，即行付给债券？此种情形，即一普通商号对私人定购些微货物，亦决无此理，何况政府机关之国家银行！办理巨额外汇债票之收付，乃竟如此草率，何能认为合法有效？
蒋函进一步向孔祥熙提出质问：各有关购券人购券均在停售命令公布之后，美债价格均已高涨，何能尚按最初的低价出售？函称：
查认购各户取券时期皆在三十二年十一月二十三日以后至三十三年六月一段时间，距三十二年十月十五日停售之期少则月余，多则六七个月。其时美债价格高涨一倍至十余倍之多，而认购各户仍按国币二十元折合美债一元之原价交款取券。以在法理上毫无拘束之认购，此时何得享此意外之特殊利益，而损失国家宝贵外汇？
蒋函最后严厉提出：“此一期间，认购各户所领去一千六百六十万余元之美金公债，必须由兄责成经办人员，负责全数缴还中央银行，限期严密办妥。”这段话之后，蒋又转变语气，特意写了一段：“此纯为稍减当前情势之应付困难，决非故意苛求。想兄当能深谅，务盼兄迅速处理，即日具报勿延为要。”
