同年5月5日，国民党在重庆召开国民党第六次全国代表大会。19日，选举国民党新一届中央委员。长期以来，孔祥熙的贪渎名声早已流传在外，口碑甚坏，但是，孔是蒋的姻亲，宋霭龄、宋美龄都“护孔”，蒋在财政上也要依赖孔，因此，外间虽反孔，而蒋介石却常加维护。选举中，孔祥熙和粮食部部长徐堪的票数都很低。后来选举常委时，孔祥熙竟至落选。蒋介石感叹地在日记中写道：“其信望坠落至此，犹不知余往日维持之艰难也。可叹。”同月28日，六届一中全会开幕，任务之一是解决行政院的改组问题。1938年1月，孔祥熙任行政院长，至1939年11月，蒋介石自兼行政院长，孔祥熙改任副院长。此后，社会“反孔”情绪更趋强烈，蒋介石不能不考虑“换马”。六届一中全会期间，蒋介石日记云：“为庸兄副院长职务亦甚烦恼，但为党国计，不能不以公忘私也，苦痛极矣。”从这一页日记不难看出，蒋介石既想甩开孔祥熙而又难于决断的矛盾心理。次日，蒋介石宣布，他本人和孔祥熙分别辞去行政院正副院长职务，改以宋子文、翁文灏充任。6月1日，蒋介石考察干部状况，在日记中写下了他对孔祥熙的考语：“（庸之）不能为党国与革命前途着想，而徒为本身毁誉与名位是图。”至此，孔祥熙不仅在政治上失势，在蒋介石心目中的地位也很不堪了。
陈赓雅、傅斯年向参政会联名揭发
国库局的知情年轻人除了向国民政府秘密检举外，有些人又将所掌握的舞弊情况提供给国民参政会参政员陈赓雅。陈原任云南劝储分会委员，兼主任干事，负责云南全省的美金公债推销工作，熟悉情况。同年7月7日，国民参政会第四届大会在重庆开会，陈赓雅根据所掌握的资料写成提案，题为《请政府彻查三十一年度同盟胜利美金公债发行余额大舞弊嫌疑案》，该案揭发：国库局局长吕咸“利用职权，公然将该项未售出之债票，一方逢迎上司，一方自图私利，以致不可究诘，构成侵蚀公款至美金一千一百五十万余元巨额之舞弊行为嫌疑。该项债票市价因之狂涨，由二十元递涨至数百元，刺激物价，扰乱金融，莫此为甚。”（国防最高委员会档案，003/3202/7215，台北中国国民党党史馆藏）该案共提出三笔可疑账款，其中最重要的一笔就是：吕咸“借推销公债之名，签呈中央银行当局，怂恿购买美债余额三百五十万零四千二百六十美元”。这里所说的“中央银行当局”，指的就是孔祥熙。陈赓雅等提出，“如果舞弊属实，国库损失之巨，与官吏胆大妄为，可云罕见”，要求国民参政会送请政府“迅予彻查明确，依法惩处”。
