1869—1909年，埃利奥特（Charles William Eliot）这个名字始终同哈佛大学紧紧地联系在一起，他个人的命运和学校的发展休戚相关。埃利奥特1834年出生于波士顿，他10岁入波士顿文法学校学习，15岁考入哈佛大学，1853年以全班第一名的成绩毕业，随后留校任教，五年后被聘为化学科助理教授，并于1861年主攻哈佛大学劳伦斯理学院，1863年赴欧洲考察学习。两年期间，他先后游学法国、德国和英国。埃利奥特所学专业虽为化学，但在旅欧期间，他对这三国的教育制度尤感兴趣。1868年，埃利奥特特作为校友当选为哈佛大学校监委员会成员。次年，哈佛校长黑尔去职，校长职位空缺。校内各派力量经过反复酝酿，校监委员会终于以16票赞成8票反对的压倒优势，任命年仅35岁的埃利奥特出任哈佛大学校长。此后，埃利奥特担任哈佛校长整整40年，也是哈佛历史上任期时间最长的校长。
他在任校长一职期间，思想解放，意识超前，励精图治，锐意改革，敢闯敢为，不断开拓，把哈佛大学由一个地方性大学发展成为全国性大学，并为哈佛大学日后跻身世界一流大学奠定了坚实基础。其中，最重要的是推行了选课制，在他的领导和推动下，哈佛大学全面实行选修制。到1895年，只有英语和现代外语仍为必修课，其他均为选修课。而后，美国许多高校纷纷步哈佛大学后尘，减少或废除必修课，增加选修课。按照自由选修制的要求，攻读一种学位，可有16门课程供学生选修，只要符合规定，便可取得相应的学位。这种办法打破了固定的四年学制，成绩优异者三年即可取得相应的学位，可称得上是“不拘一格降人才”了。
除了选修制外，在埃利奥特身上还发生了其他的奇闻轶事。
1870年埃利奥特出任哈佛大学校长，他想请当时著名的史学家亨利·亚当斯担任中世纪历史的教授一职。对此，亨利·亚当斯谦虚地说：“校长先生，我真的一点儿都不懂中世纪的历史。”而埃利奥特则不客气地回答说：“如果你能够为我举荐出一位比你懂得更多的教授，那我就聘请他。”结果亚当斯接受了聘请。1884年，一对名叫斯坦福的夫妇找到埃利奥特校长。他们来自加利福尼亚州，请教埃利奥特校长用多少钱可以建立一所大学（他们当时想在加州办一所大学，以悼念他们新近逝世的儿子）。埃利奥特校长在听完了他们的讲述后，一脸认真地说：“这起码需要500万美元（这大概相当于今天的50亿美元）。”听了这话，斯坦福太太的脸色顿时变得铁青。沉默良久之后，斯坦福先生开口说：“亲爱的，我想我们还是可以拿出这笔钱的。”埃利奥特校长没有料到的是，这对夫妇用其姓名所建立的学校后来会与哈佛大学齐名。更难想象的是，那所学校一位名叫博克的毕业生后来竟会成为哈佛大学的校长，并且主政哈佛大学20年，其任期之长仅次于埃利奥特本人。
很少有人像埃利奥特那样，充分体现爱默生“一所大学是一个人延长的影子”的名言。没有人把在高等教育，尤其是把哈佛大学变成伟大的、美国骄傲的成就方面，做出比埃利奥特更大的贡献。1926年，埃利奥特去世后，成千上万的美国人把他当做联邦英雄来纪念。史家评价道：“埃利奥特虽不能称作最伟大的哈佛人，但他是哈佛大学校史上最伟大的人物。”
