还应该看到，会理会议在毛洛关系、毛彭关系上的消极影响是深远的。
毛泽东指责林彪的信是彭德怀“鼓动”起来的，是“右倾”。对此，彭德怀没有申辩，采取了“事久自然明”的态度。1959年庐山会议上毛泽东又重提此事，林彪当场申明“那封信同彭德怀同志无关”，“写信彭不知道”。直到这时，彭德怀才出来说明原委。关于刘、杨的电报，彭说，刘少奇写好以后，“拿给我和杨尚昆签字。我觉得与我的看法不同，没有签字，以刘、杨名义发了”。至于林彪的信，彭德怀说：在会理会议时才看到，事先“没有同林彪谈过话”，此信“与我无关”；在会上，“我也批评了林彪的信”。对毛的指责，彭说：“当时听了也有些难过，但大敌当前，追敌又迫在金沙江了，心想人的误会总是有的 我就没有申明，等他们将来自己去申明。我采取了事久自然明的态度，但作了自我批评”。直到1959年庐山会议彭德怀被打成“反党集团”、此事又成一大罪状，他才感到这种坦荡之风效果不好。彭德怀后来说：“在这二十四年中，主席大概讲过四次，我没有去向主席申明此事，也没有去同其他任何同志谈过此事。从现在的经验教训来看，还是应当谈清楚的好，以免积累算总账，同时也可以避免挑拨者利用。”
张闻天是会理会议的主持人。他在会上代表中央批评下面，自己并没有受到直接的、明显的批评。不过，毛泽东听了个别同志的猜测和判断，却一直认为是张闻天到三军团去与彭勾结反他。这种误解一直埋在毛泽东的心里，直到延安整风时才挑明。在1941年六七月间的一次小型谈话会上，毛泽东批评张闻天的缺点，特别提到张闻天“在会理会议以前严重的政治动摇”，说张“当时挑拨军队领导同志林彪、彭德怀，反对 三人团 ，要林、彭来代替 三人团 指挥等等”。对此，张闻天当场表示“保留”。“当晚回家后，关于这件事曾写了一封申明信给毛，但后来没有发出。想事情没有旁证，说也无用。”到1943年9月政治局会议上，毛泽东又一次“提及此事”。张闻天这回才认真对待。他“利用许多同志在延安的机会，做了一点调查工作”，在随后写的“整风笔记”中作了澄清：“现在大致可以判明，说我曾经煽动林、彭反对三人团的话，是王稼祥同志的造谣！（林、彭二同志关于此事有正式声明）”
在长征路上，大敌当前。会理会议的过火斗争，怀疑、误解，都没有影响中央领导同志和红军高级将领团结对敌。在延安整风期间，对于全党来说，这也并非大事，说过以后也就算了，并没有特别去做结论。不过，会理会议在毛洛关系、毛彭关系上却有相当深远的影响。误解延续到延安整风，确凿的事实也未能真正驱散这团疑云，而1959年庐山会议上对彭德怀、张闻天的错误打击，不能不说也蒙有会理会议的阴影。
