火葬处理的骨灰装进大口清式棺材，埋入白玉山东北麓山脚下。1月18日，行政厅从金州唤来6名清国僧侣及随军日本僧侣8名，在掩埋清国死难者处建立了一座“清国兵战殁者”墓碑。两国僧侣按照各自的佛家礼仪，共同为亡灵诵经祈祷。日本僧侣出资建造一座石碑，周围用木栅栏圈围，石碑的表面、背面、左面、右面铭有梵文碑字。
表面一行竖字（梵文）：“寶塔者為清人亡魂離苦得樂也”
右面两行并排竖字（梵文）：偈曰“劍樹刀山飛鳥蹤炮彈兩打空鐘 個中何別親兼冤旭日長輝鐵峯（左行）”下接“露”字
左面一行竖字（梵文）：“經曰：一切有為法如夢幻泡影如露亦如電應作如是觀”
背面落款（梵文）：“大日本帝國真言、臨濟、天台、真宗特派僧建焉 維時明治二十八年一月十八日”
从军僧侣目睹了旅顺战场的悲凄场面，以佛家礼仪为军人虐杀行为向死者表以哀悼。从军各派僧侣战场集资为死难者建立石碑超度亡灵，展现佛家以慈悲为怀的善举。日本媒体报道：“呜呼！我国人一视同仁博爱义侠，此乃心诚善慈之举也。”
日军占领旅顺口后，随即开设了旅顺占领地行政署，12月13日发布《旅顺口行政署行政管理规则》，宣布从12月16日开始行政作业。国内任命的行政署文武官员250名，从佐世保港启程直航旅顺。16日实施《旅顺口施米细则》，在市街开设施米站，面向当地住民施米30日，每人每日给米四合（1合米约150克），呼唤当地住民返回住地开始生计。12月中下旬，旅顺口本地的残存住民接到日军命令，重新开始赖以生计的澡堂、猪肉铺、制粉所等行业店铺的营业。
光绪二十一年（1895）正月，旅顺口仍处在血雨腥风的阴影压抑之中，逃出的市民很少返回家园。旅顺市中心的集仙茶楼大戏院每日挤满了日兵观客，观看日本艺人前来慰问的表演。1月26日，旅顺行政厅在各处张贴安民告示，要求市民各归其业，对放下武器自首投降的清兵不纠其命。27日，政厅下属宪兵开始调查旅顺口住民的人口状况，继续向没有粮食的百姓施米救济。2月，旅顺回归人口逐渐上升，街头贩卖馒头、包子、菜类的商贩增加。日本本土前来做买卖的民间商人，获得进入旅顺经商的许可。3月，在外避难的旅顺住民，举家回归，人口上升至三百余户。
野蛮文化的悲剧
旅顺虐杀事件中丧生人数，在欧美报刊和日本报刊中均有报道，由于现场被有组织地隐秘处理和缺少权威性统计，真实数字不得而知。《东京朝日新闻》（12.1）报道：“据山本记者所见，第三联队宿营地附近埋葬有700余名清兵遗体。乃木少将追击逃亡金州的清军途中杀死362名清兵，埋葬在老铁山附近，军参谋官报告埋葬者3,000余名。22日早晨，清点旅顺市街的死者，其数300人许，又增斩杀抵抗者数十名。”《万朝报》（12.4）报道：“此役敌的死伤者远超过平壤和九连城之战，旅顺市街死尸累累，无插足之地，26日清点死者3,000余人。”《读卖新闻》（12.10）报道：“此战毙敌总数5,000人以上，市内死者1,200余人。21日至22日之战，敌死者约1,000名，俘虏63名，8名被送往野战医院治疗。”“21日，金州战即死将校7名，下士官32名，兵卒464名。22日至24日，旅顺败兵在金州附近死者280名，金州周围死者1,056名，海中溺死和枪杀者不在其内，俘虏约300名，41名伤者被送往金州野战医院救治。今回旅顺之战杀敌数合计6,000余。”12月9日，第二军参谋长向大本营报告旅顺战斗结果：“旅顺口清军守敌死者约2,500人；金州方面及金州和旅顺之间敌军死者约2,000人，概算合计约4,500人。现在我军医院接受治疗的敌伤员40余人，355名清兵俘虏准备解送本国。”
旅顺虐杀事件以日本三缄其口、迅速处理虐杀现场、安抚救济住民、公开否定国际社会舆论，以及清国朝廷的沉默而告终。事件没有留下多少人证和物证，致使百年以来旅顺虐杀事件犹如云山雾罩，成为难以彻底清辩的历史事件。
