虐杀事件的隐匿
旅顺虐杀事件发生后，伊藤首相和陆奥外相紧急展开“沉静化”外交工作，避免事件在欧美诸国进一步扩大。面对国内外媒体的报道，虐杀事实已经无法再掩盖下去。政府严厉要求国内的新闻媒体，在报道中回避血淋淋的虐杀情节。第二军大山司令官及部下担心杀戮行为引起国际舆论谴责，玷污“文明义军”的名誉，特别制定了对事件的统一辩答要领。一、当被问及“日军进入旅顺，为什么不区分兵士和百姓皆混同杀戮”时，答：“造成军民混同杀戮的原因，（1）旅顺口是敌人的军港，市街内民间人士大多是服务军队的职工，同属敌类。（2）我军受到敌兵从民屋内的射击抵抗，事实证明大多民家都有遗弃兵器弹药的现场。（3）旅顺战斗展开前，大多数住民早已离开旅顺，扫荡时市内薄暮黄昏能见度不良，无法判断是敌是民。”二、问及“21日以降战斗已经结束，为什么仍然对没有战斗力的敌兵继续杀戮。”答：“俘虏中的被杀戮者皆是顽固不化之人，或抵抗逃跑之徒，为防止意外故对敌施以惩戒。”
11月26日，第二军司令部下达“尽快打扫战场，迅速处理清国人尸体”的命令，同时各处张贴告谕文，告诫扫荡中的将兵“要安抚市民各行其业，对放下武器自首的清兵不得杀戮”。军副官部有贺长雄参考法国和意大利等国《战场埋葬规则》条例，立案《尸体扫除手续》条例规范。尸体处理应先确定死者身份、登记携带品，葬坑深度两米。可是面对如此大量的尸体，按照规范处理，在人力物力上根本不可能实现。旅顺正值寒冬季节，冻土坚硬无法挖掘深坑，即使火葬也没有设施和燃料，而且没有清兵兵籍簿和旅顺住民户籍簿，死者的对照登记无法进行。为了尽快执行打扫战场的命令，宪兵队雇用日本军夫和召集幸免遇难的清国人，组成战场“扫除队”清理市街道路上的尸体。尸体从市街运到郊外的洼地用沙土掩埋，由于人手严重不足，冻僵硬直的尸体像枯木一样横竖堆积在一起，尸体处理陷入困境。
11月28日，一艘悬挂清国龙旗、红十字旗、白旗的清国船进入旅顺湾请求入港，乘船者是天津私立红十字会的人员，同船成员还有英国陆军军医。商船负责人随身携带各种规格的官方证明文件与日军交涉，入港的目的是救护旅顺战中负伤的清国伤兵返回天津治疗。第二军司令官大山知道旅顺虐杀现场死尸遍野远没有清理完毕，况且也没有存活的清兵伤员。此种血淋淋现场若被来人所见，必会成为欧美新闻的佐证，遂断然拒绝了红十字会的请求。日军拒绝红十字会船入港实施人道义务的行为，在欧美媒体曝光受到舆论的强烈指责。
1895年的1月14日，第二军下达《尸体扫除手续》条例，由混成第十二旅团指挥处置旅顺一带敌军的尸体。按照清国人不兴火葬的习俗，《手续》条例备注，“敌尸以埋葬为主，但无法埋葬时可以火葬处置”。其中第四条埋葬场所和方法，要求战斗当局的军医部和卫生员，依照下列条项谨慎实施：（1）应用埋葬法处置时须避免日后因风雨造成尸体露出。（2）埋葬地点须选择与村落道路隔离的掩人耳目之场所。（3）防止因尸体腐败对水源、大气污染引发传染疾病。（4）尸体集体会葬时，由随军僧侣实施祈祷亡灵的仪式。
3月，大本营派遣特派员视察旅顺行政厅，详细听取了战后民政恢复报告，行政长官郑永昌详尽介绍了尸体处置作业的情况。由于1月正值寒冬季节，尸体采用埋葬法处置遇到了极大困难。根据《尸体扫除手续》条例，只能改用火葬法才能迅速处理尸体。在实际作业过程中，仅1,500余具尸体的火葬就颇费苦心。“烧却队”在旅顺市郊外找到一个砖瓦厂，利用砖瓦厂釜炉替代尸体烧却炉，燃料使用清军遗留在港内的大量煤炭。政厅请海军搜取破船上的引火木材和煤炭，每炉一次可以烧却五六十具尸体。金州方面处理清兵尸体，在西面郊外设立了临时火葬场。火葬场用土石围成，高十一尺（约3.3米），正面五间（约9米），横面四间（约7.2米），屋顶铺设锌皮板材，烟囱用白铁皮做成，全面积约66平方米。烧却尸体总数1,200具，所需人工费、石油燃料费、搬运费，合计1,302日圆。1月下旬，气温逐渐转暖，阳光普照，冻土温度上升，各处传来有半枯骨骸露出的报告。尸体腐败与雪水交融会污染地下饮水源，带来公共卫生的问题。21日，政厅决定实施尸体挖掘作业，对所有尸体采取火葬法处理。
