11月26日，旅顺占领后第六日，军司令部发出命令处理被杀戮的清人尸体。外国记者报道，旅顺口仅存36名清国人被日军指定为民夫，与日本军夫组成“扫除队”。《万朝报》报道存活者有六七十名贫民。清国人称“扫除队”为“抬尸队”，指定从事清理市街的尸体，运往野外掩埋的工作。抬尸队成员在最近距离目睹了旅顺虐杀事件，成为证明事件的重要目击者。然而,清国朝廷没有从这些侥幸存活者那里获取证言，为国家的耻辱留下历史记录。日本人龟井兹明在埋尸现场，拍摄到一帧清国民夫在日军监督下掩埋死难者尸体的照片，证实了抬尸队的存在和旅顺虐杀事件的真实。
野蛮对决的证言
1894年11月21日傍晚，日本兵侵入旅顺口市内，震惊世界的旅顺虐杀事件在这里发生。事态从两军作战中的相互复仇，发展成对无辜民众的肆意滥杀，制造了震惊世界的惨案。第二军司令官大山严，在旅顺虐杀事件发生时没有及时制止山地师团的杀戮行为，以致虐杀持续到24日才传出有限制止的命令。事实上，屠杀行为延续到26日，此时旅顺口已经无人可杀，暴行自然终止。
清军的暴行
11月18日旅顺口外围土城子附近的战斗，日军遭到自花园口登陆以来，清军第一次顽强抵抗，战斗中有日本兵成为清军的俘虏。日军《陆海军战报》记载：“旅顺附近土城子战斗，我侦察小队11名士兵与敌遭遇，为不做俘虏自决身亡，清兵对我兵施以无人道之屠尸。搜索中发现中万中尉的认识牌，头颅和身体分离，两腕被切断。其余士卒戎装物品也被尽数掠去，尸体多处被屠刃毁坏，割首裸足的尸体被弃于路边，其惨状令人悚然……”“11月21日前锋第二联队攻入旅顺市街，在街口看到四颗日本兵头颅被悬挂在枭首台上，掉落在台下的头颅正被两条饿犬撕咬。士兵见状挥剑斩杀了饿犬，含泪将头颅带回……”“我军攻入旅顺口后，袭击了毅军左营，舍内一片狼藉，一隅柴禾堆内发现数具日本兵尸体，背囊和枪剑丢弃于侧，血流凝固，腹背多处留下被刀剑反复刃刻的痕迹。”
《二六新报》记载：“攻入旅顺的联队，看到我军士兵三人的头颅悬挂在路旁柳树上，示众之首被割去鼻子、耳朵。接着又在民家门梁上发现两颗用铁丝吊着的日本兵头颅，死者尸体丢弃在路旁。身首分离，被切开的腹部内填入石块，右臂切断，睾丸割除。”龟井兹明《从军日乘》记载：“我十数名战死者的首级，悉数被敌兵夺走，大多数砍断左臂，阴茎被割去，其中有削掉鼻子、剜出眼球者，剖开的腹内充有碎石。一骑兵喇叭卒，四肢和头颅被砍断，腹内填入石块，阴茎割断，睾丸亦被剜除。徐家窑一民家院内的玉米秸下，一名身着我兵服的兵士，被斩断右臂，腹部横断，睾丸剜除，阴茎割掉……其残忍酷薄之状，令人眦裂扼腕，悲愤填膺。”
《支那通信》记载：“驱使清兵野蛮行为的原因之一是清国发出悬赏金，鼓励清兵取日本兵首级换取白银奖励。首级一颗50两，抓捕日本间谍100两，报告间谍居所40两，缴获军舰1万两，破坏军舰8,000两。各地奖赏额略有差异，金州附近布告取日兵首级者60两。”
日军的暴行
日军旅顺口虐杀事件缘于两个起因。其一，自日清战争开战以来，日本国内报道日清战事一直是连战连胜、各战大捷、清军不堪一击，夸耀日军所向披靡的战果。可是11月18日旅顺口外围土城子战斗，日军遭遇到了预想不到的挫折，重创了第一师团长山地将军的自尊心，山地将军因此恼羞成怒。其二，19日双台沟附近，山地师团张接到报告：“我骑兵侦察兵约20名在土城子被清兵俘虏，侦查队长中万德次中尉和随同士兵，首级被清军砍下并断肢割除睾丸。”还亲眼看到卫生兵担架上，被虐杀后肢体残缺不全的士兵尸体。清军的野蛮之举再次激起山地复仇的怒火，在日军攻入旅顺口时，下达了“除妇女老幼之外，一律格杀勿论”的命令。在强烈复仇心的驱使下，日军开始疯狂的报复行动。在街市内搜索发现，逃亡的清兵换装改扮成当地住民混杂在百姓中间难以辨认，躲藏在民家的清兵继续开枪负隅顽抗。司令部接到报告后随即下达第二道命令：“凡穿着平民服装，疑为清兵的青壮年者一律诛杀。”之后旅顺的大街小巷到处是杀人的现场，不论清兵与否皆视为清兵，百姓中老幼妇女也成为虐杀的对象。
