明治时代的贵族龟井兹明伯爵，是见证旅顺虐杀事件的重要人物之一。龟井早年留学英国和德国，习得西洋美术学，对英德两国最新摄影技术兴趣浓厚。1894年日清战争爆发后，34岁的龟井自费组成二十余人的从军摄影班，随第二军转战辽南各地，拍摄了日清两军的战斗场面，其中包括旅顺虐杀事件的场面，摄影件数多达600余幅。精选出的300余幅，做成精装影集《明治二十七八年战役写真贴》献给皇室惠存。珍贵的历史镜头真实记录了战争的一幕，成为百年来研究日清战争最有说服力的历史文献。1896年，36岁的龟井兹明去世，留下生前的从军日记原稿。1899年，龟井的《从军日乘》出版，1992年《日清战争从军写真帖》副题“伯爵龟井兹明日记”公开发表。
清国军人
参与旅顺战斗的清国兵作为受害者、目击者、见证者，都是最有发言权的证人，可是那些经历虐杀现场的清兵，在逃亡中几乎全部被日军杀戮。能目击事件过程，又从日军手中成功脱逃保全性命，还可以报告日军暴行的清兵几乎不存在。11月21日，日军攻入旅顺市街的当夜，天气骤变，也有趁夜从海上或陆上逃出旅顺市街躲过杀戮的清兵，但对三日间旅顺市街的状况均不知情。旅顺金州附近的战斗，日军俘虏了355名清兵，这些俘虏也没有留下对事件的证言。
报刊媒体
12月日本报纸报道了旅顺市街的新闻。《邮便报知新闻》报道：“21日，旅顺市街的战斗仍在进行，炮声枪响如雷贯耳，尸身遍地，惨如地狱一般。可是从新街的集仙茶楼剧场，却悠然传出戏剧演出的腔唱和锣鼓声音，剧场内没有一名观客。‘此乃何等无神经之人竟如此大胆’，荷枪实弹的士兵被惊得目瞪口呆，他们面对的似乎是无生命的木偶。”《国民新闻》报道：“剧场内10岁至15岁的少年演员约有百十余人，包括这里的大人在内，剧团总计200人，都是旅顺道台从北京、天津请来的戏班子，也有说是北洋水师提督丁汝昌带来的。市街战中剧团的17名大人被枪弹毙命，其余剧团人员在接受第二军司令部审查后，被命令从25日开始，每日昼夜各开场演出一回，为日军官兵庆祝大捷，迎送新年助兴。”“旅顺剧场180人的演员生存了下来，他们不知道剧场外发生的大事件，只有那些大胆走出剧场，想窥探事件的人遭到杀害。”
《读卖新闻》记载，“22日血雨腥风的深夜，占领军宪兵在街头抓到一名二十四五岁的清人美妇和一个十三四岁的女孩，两人惊魂落魄、战战兢兢地在街上徘徊。妇人被捕后述说自己的遭遇：‘妾身乃天津妓女，被一清军高官赎身，一个月前来到此地。忽昨日发生战事，妾等心惊肉跳、恐怖战栗，潜入一民家待死他乡。岂知一清兵遁入民宅，脱去兵衣换上民服，见妾等在此避难孤单无助便非礼辱之，饮泣哀怨之中流落街头。’宪兵见妇人容姿服饰非平庸人家，慰喻二女此处系危险境地，带二人至清国人夫处照料。”
11月9日金州失陷，清军旅顺外围作战失利。消息传到旅顺，市街陷入一片混乱。17日，道台龚照玙慌乱中携家眷乘汽船逃往芝罘，留守旅顺的黄仕林、赵怀业、卫汝成三将见大事不妙，也相继逃离旅顺，大批百姓纷纷从陆上、海上出逃避难。造船厂的一些官吏趁乱争夺和盗走贵重机材，装上民船从海上逃走。更有胆大妄为之清兵，公然打开银库掠夺官银。滞留市内不知内情的穷困百姓，在日军攻入旅顺口时才开始向四面八方避难，混乱中遭到日军的杀戮。
11月24日，第二军司令部下令清点残留清国人数，决定采取发给良民“免杀护身符”的紧急措施。凡被认定安全的良民，均发给一张白布或纸片，上书墨字，盖有检印。各队根据实际情况发给清国人，字样内容各异，“顺民证明 第二军司令部”、“商人者无害 军司令部”、“顺民者 勿杀”、“某大队本部役夫”、“此者不可杀”、“良民”、“此者不可杀 某联队”、“顺民不可杀 某队”，也有门柱上贴纸标记“此家人不可杀”“此家男子六人不可杀”等。得到字符的清国人将字符贴在胸前、挂在颈部、绑在臂上提示免杀证明。
