内地卫生
从战地回国内的伤病患者，被收容在各部队驻屯地治疗。各留守师团司令部所在地和其他卫戍地，合计开设了18所预备医院。为了解决预备医院卫生人员的不足，特别从地方雇用医师、药剂师、看护者，补充医疗医护的人力。要塞收容的部队患者，在横须贺、下关、对马设立的要塞医院内治疗。从战地送回国内的病患，从宇品、门司、广岛、小仓上陆，临时收容在预备医院，后换乘火车或汽船，分送到各部队所管辖的预备医院。战时，广岛的预备医院收容规模最大，各院收容患者合计达102,727人。大部分预备医院及要塞医院的工作，一直持续到1896年才逐渐停止，广岛预备医院的工作延续到1899年。
卫生检疫
日清战争战地发生的传染性疾病，造成军队作战能力急剧下降，部分病毒甚至被伤病员带回国内，在民间广泛流行，造成巨大的灾难。开战初期，日本国内开始流行霍乱，患者56,000人，死者39,000人。战争中期，国内痢疾病爆发，全国患者155,000余人，死亡38,094人。1895年，开赴台湾澎湖列岛的军队发生霍乱疫情，传回国内的感染性病毒迅速扩大，造成病死40,150人。甚至日本在两年前宣言消灭的天花病也再度复燃，患者12,400人，死亡3,300人。
面对严重传染病侵袭的势头，日本政府动员全国卫生机关以及军队卫生机关，全面加强检疫、预防、扑灭行动。军方首先在海外关口设立检疫所，对霍乱、痢疾、疟疾、伤寒等传染病进行检疫隔离。战地检疫特设两种类型的检疫所：海港检疫所和陆上检疫所。日军在清国开设海港检疫所4所、朝鲜5所，主要负责对进出人员检疫和对船舶的检疫消毒，其中规模最大的是旅顺口及大连湾检疫所。陆上检疫所，在清国开设7所、朝鲜4所。军方同时在国内的下关、宇品、神户三地施行检疫工作，1895年6月以降，似道、彦岛、樱岛三地开设陆军检疫所，对凯旋部队实施检疫消毒，沿途所有火车站均设立检疫所，厉行检疫。凯旋部队归国实施严格的检疫制度，使传染病的患病率得到了有效控制。
民间救护事业
日清战争中“日本赤十字社”是活跃在战场上的医疗卫生民间组织，在陆军卫生部的指挥下，从事医疗救护工作。战争爆发时，该组织向陆军省请愿，获得军方许可，社内救护员分派本土陆军预备医院或随陆军前往战地医院服务。救护员在野战卫生长官的指挥下，依照战时卫生勤务令的条例从事本职工作。最初，负责国内勤务的救护员被派往广岛预备医院，之后随着各地预备医院的设立，相继配属各医院协助工作。赤十字社救护员同时负责给清国俘虏中的患者治疗。负责海外勤务的救护员分海上和陆上两种，海上救护员配属在患者输送船上，协助陆军省雇员负责运输船上的船员、搭乘者的医疗工作。陆上救护员配属第一军仁川兵站医院、清国各地兵站医院履行职责。战争期间，日本赤十字社派遣的卫生勤务救护人员总计1,373人。旅居朝鲜釜山、元山、仁川的日本侨民各医院，院长及职员共计22人，为军方患者提供收容、医疗、护理等服务，也有一定数量的日本居民，组成志愿人员参与伤病者的护理工作。1895年4月，日清两国签订《马关条约》，6月起赤十字社派遣勤务渐次取消，7月至12月全部救护员从清国撤回。
马匹卫生
日军在战争时期的马匹卫生管理沿袭和平时期的管理条例。1894年8月，朝鲜釜山附近发生牛瘟疫，陆军省立即派遣课员和数名兽医加强对牛马的卫生管理，防止用于军需搬运的牛马发生死伤减员。陆军省课员对军马卫生、军马医疗、铁蹄材料等进行详细调查，同年制定实施冬季军用马匹防寒用毛毯的供应。各师团司令部、兵站监部、兽医部，对马匹卫生直接进行指导监督，各乘马部队附属的兽医负责马匹日常诊疗管理。野战部队的马匹伤病最多的是鞍伤，朝鲜战役中，鞍伤占患马的4.18%；清国本土作战中占20.34%；台湾作战中占12.6%；诸种消化不良及呼吸病的发病率次之。台湾战场马匹发病率较高的还有皮肤病，占患马的2.5%。其他病患如咬伤、踢伤、头络伤等外伤，占全患马的9.0%。马匹腺疫主要流行马匹特有的细菌性传染病，如鼻黏膜、喉头黏膜等炎症引起发热或淋巴结肿胀化脓。国内马匹患病率占全患马的6.83%；清国则占3.99%。日军对马匹疾病主因的研究表明，朝鲜及台湾作战是夏季，马匹过度疲劳、体力减弱，易引起感染和并发症。而在辽东半岛及山东战场作战时，处于冬季，马匹的健康多有增进。日清战争全战役期间，日军患马累计54,532匹，其中发病后杀死8,994匹，战斗原因造成死伤的马207匹，其中死马97匹、伤马110匹。
战地尸体处置
清日战争双方的伤亡数都超过万人。清军死亡推计25,000人；日军死亡13,488人；军夫阵亡7,000—8,000人。战地尸体处理是维护战场卫生、防止疾病扩散的重要一环。日军对战地战死者和病死者的处理，采取在各战场附近和宿营地附近，开辟临时墓地埋葬的方式。根据战场条件，分别有土葬、火葬、水葬，对应不同的官阶，设立不同等级的墓标。日清战争之初，安葬阵亡者时举行军队会葬仪式；战争中期，政府批准本国的僧侣、神官从军，协助葬仪。阵亡者的葬仪采用符合日本人信仰的宗教，由各派僧侣以诵经法式，举行超度、镇魂安葬故者。
对敌国战死者的尸体处理，日军没有采用日军规定的对死者阶级、姓名、年龄进行识别和登记造册的做法，通常在战场附近合葬，并建设墓标。金州和旅顺战斗中，战死清军以及被虐杀的平民数量极多，而在冬季进行土葬需要耗费很多劳力，故日军改而采用大规模火葬的方式处理尸体。尸体处理时，卫生方面的处置尤为缜密，必须在尸体表面施撒石灰后掩埋以抑制瘟疫扩散。
日清两军凡有过战斗的地方都有日军临时墓地安葬阵亡将士，从朝鲜到清国到处可以看见日军墓地的标记。《马关条约》签订后，如何对阵亡者墓地进行保护的议论沸起，日本政府决定将安葬在海外的日军遗骨全部运回国内改葬。对此，辽东半岛占领地总督部、山东威海卫占领军司令部、朝鲜南部兵站监部，全面收集土葬者的尸体进行火葬，将遗骨送回国内，在政府规划的陆军墓地改葬。依照遗族家属的请愿，在陆军墓地可以建设自己家族的墓标。1896年，日本政府在台湾为作战死亡者的遗骨统一建立了永久安葬墓地。
