朱翊钧在位期间，天下已经很不安定。除了社会阶级矛盾日益激化外，由于朝廷和地方官员处置失宜，同边远地区少数民族的关系也恶化了。朝廷先后对宁夏、播州用兵，费了很大气力方告平定。特别是建州女真在努尔哈赤领导下迅速兴起，由明王朝镇守东北的屏障变成了对抗中央朝廷的一股重要势力。万历四十七年（一六一九年），明廷抽调了大批精兵，并责令朝鲜和海西女真叶赫部出兵助战，兵员总额达十一万多人，在辽东经略杨镐的统率下四路出师，期以“旬日毕事”，一举荡平。由于战略错误，指挥失宜，萨尔浒一战竟以惨败告终。从此，辽东的军事对抗便牵制了明王朝很大一部分力量，成了朝野注目的重大问题之一。
朱翊钧死后，长子朱常洛即位仅一个月也病死了。新上台的明熹宗朱由校年轻不懂事，宦官们为了窃柄弄权，领着他成天嬉戏。据说他喜欢弄木工活，宦官们就在他手提斧锯玩得兴致正浓时，拿来章疏奏请他定夺。他往往只听口头报告大意，即随口答道：“我都知道了，你们用心行去。”⑼于是大权旁落，宦官把持朝政。太监魏忠贤同熹宗的媬姆客氏相勾结，上下招权纳贿，把国事弄得腐败不堪。一帮依附于魏忠贤的无耻之徒还为他大颂功德，甚至呼之为“千岁”，“九千岁”。在一次宴会上，有人当着熹宗和魏忠贤的面高唱诵辞：“好个魏公公，处置得惜薪司怎样轸恤商人，内府库怎样米积天堆，东厂怎样厘奸剔弊，宝和店怎样裕国通商。内修朝政，外镇边疆。”魏忠贤听了这样肉麻的奉承竟然处之泰然，朱由校也呆头呆脑一笑置之⑽。各省地方大员也对魏忠贤趋之若鹜，纷纷为他建生祠祈福，穷极华丽。朝野的党争便因之加剧。当时有名的东林党，主要由一批比较正直的知识分子组成，他们眼见国事日非，就利用讲学结社，评论朝政，希望皇帝能够除去奸邪，重整朝纲，实现清明吏治。依附魏忠贤的邪恶势力则结成阉党，对东林党人横加迫害。此后，明末的党争屡经反复，一直延续到南明覆亡。
上有所好，下必甚焉。明神宗、魏忠贤等既贪财好货，自然上行下效，养成一派贪污风气，出现“官以财进，政以贿成。”天启年间黄尊素曾说：“大拜之事，相传必用间金数万”。对此，他不禁叹息道：“呜呼，始进不正，以身为市，我朝相业可观矣！”⑾魏忠贤任用阉党周应秋为吏部尚书，公然按官职大小索价，每天得贿银一万两，人称“周日万”⑿。到了崇祯时，有人说：“贿赂之盛，莫如此日。都下有‘白变黄，黄变白’之谣。”⒀意思是官吏行贿原先用银子，后来改用金子，再后来又改用光灿夺目的珍珠。当时官场，诚如贴在长安门上的一首讽刺诗所云：“督抚连车载，京堂上斗量。好官昏夜考，美缺袖中商。”⒁崇祯六年，朱由检在文华殿召谕朝臣说：“吏、兵二部，用人根本，近来弊窦最多。未用一官，先行贿赂，文武俱是一般。近闻选官动借京债若干，一到任所，便要还债。这债出在何人身上，定是剥民了。这样怎的有好官，肯爱百姓？”⒂官员们的职位既然是花钱买来的，上任之后自然要竭力搜括，追本求利，满载而归。官贪吏残必然加重对人民的压榨，使社会矛盾进一步激化。
