王选的苦闷始于1957年。这一年，大量中国最优秀的知识分子被冠以“右派”的帽子，离开了他们熟悉的工作和生活，被发配各处，其中就有王选班里几个最优秀的同学。一年后，王选的父亲王守其也遭此厄运。这让王选倍感迷茫。
1958年，王选大学毕业了。何去何从？一个“右派”的儿子又有什么样的自主权？就在这个节点上，中国计算机事业的飞速进步，终于把王选留在了北京，留在了北大。
新任命的中科院计算所筹委会主任华罗庚在全国各处寻觅，他正在急切地物色人才。与此同时，一批中国一流高校的数学系、电机系等相关学科的三年级学生在北京集合，中国第一届计算机训练班开课，如此超常规的培训模式，表明了中国政府对计算机技术的高度重视。
在此前一年，中国政府向苏联订购了M-3计算机和БЭСМ计算机图纸资料，计算机的研制工作迅即展开。1958年8月1日，中国第一台数字电子计算机——103机诞生，平均运算速度为每秒30次。经改进配置了磁心存储器，计算机的运算速度提高到每秒1800次。不久，104机的研制也告开始，这将是中国第一台大型通用数字电子计算机，平均每秒运算一万次，接近当时英国、日本计算机的水平。这是国庆十周年的献礼之作。在这个时候，计算机人才是多么宝贵。
王选就这样留在了北京大学，他当了一名助教，并立刻展示了他在计算机研究领域的才华。他成为了北大红旗机研制的生力军，正值三年自然灾害，吃不饱饭的王选一天天在透支自己的生命。
“1959—1961年研制红旗机，玩命到不顾身体，经常连续工作一天一夜，最紧张的时候40个小时不睡觉。有时错过了吃饭时间，和同事一起到饭馆，点了菜还没上来，我已经趴在桌子上睡着了。熬完通宵回到宿舍，坐在床上还没解衣服，坐着就睡着了，等口水掉下来，醒了，再脱衣服躺下。如果同事有什么问题找我，都有这个经验，说你去叫醒王选，光叫他不行，一定要在旁边看着他穿好全部衣服，才能离开，否则他很可能又睡着了……”
1961年，王选作出了他成年后的第二次抉择：从硬件转向软件，但不放弃硬件，而是从事软、硬件相结合的研究。
“1961年我从北大数字系计算机数学专业毕业已三年，一直在硬件第一线上跌爬滚打。当时一些新的计算机给我的印象很深，于是我就老问自己，你为什么总是停留在欣赏别人成果上，自己怎么没有创新？后来我才明白我不懂的是应用，是软件（当时software这个词还没有出现，应用当时很大程度上就是软件）。1961年我作出了一生中最重要的一个决定：从硬件转向软件，从事软、硬件相结合的研究。我跨这一步时当时在中国是第一个，在美国也不多。一旦有了软、硬件两个领域的基础以后，忽然就有一种豁然开朗的感觉。所以我非常理解控制论的发明者维诺的这句话：在已经建立起来的学科之间的无人空白区上去耕耘，最能取得丰盛的成果。”
