淡水城的守敌是叛军洪兆麟部的一个旅。何应钦费开心思，头一仗就遇上攻坚战，而序战必胜是用兵的原则，胜败在此一举。他定下决心：组织敢死队担任爬城任务。敢死队的十名官长中，有国民党党员二人，共产党员八人。2月12日拂晓，何应钦披挂上阵，指挥敢死队分成几个小组奋勇攻城，战斗十分激烈。打到第二天还不见分晓，升任少校副营长兼第二连连长的蒋鼎文，亲率敢死队，以竹梯爬城，首先攻入西门。
何应钦的教导一团正在城里绞杀时，洪兆麟的后续部队掩杀过来，同预备队教导二团在城外打了起来。团长王柏龄却不见人影，官兵自行抵抗。打了一阵，王柏龄才回到阵地。随后，王柏龄被撤了职，校本部少将参谋长钱大钧代理该团团长，重新收拾部队。
部队开始败退下来。何应钦急令本团二营长刘峙率全营反攻。刘峙平时待人接物以善打哈哈著称，一派“大智若愚”。此刻也急了眼，带着队伍就扑了上去。此时已是天擦黑，敌人误以为是自己的队伍从城里逃出来，急吼吼地靠近过来。刘峙也不声张，叫部队端着刺刀就捅，洪部措手不及，只好败退，淡水城的形势稳住了，刘峙从此得了个“福将”的雅号。顾祝同率的第一营在找不到团长王柏龄的情况下没有退却，战后每个官兵都得到学校的赏银30元。
叛逆陈炯明见洪兆麟的1万多人，竟被何应钦的2000多新兵打败，心里窝塞，总想寻机出口恶气。3月上旬，又调集了四五万人，要和黄埔军决一死战。3月11日，棉湖之役拉开战幕。这是黄埔军能否存活的紧要一战。何应钦当年的司书回忆说：“此次战役，存亡之机，间不容发！假如何先生，不决心牺牲自己，则阵线动摇，教导第一团，势被敌人全部消灭；敌人便乘势进攻我孤立无助的第二团，第二团亦被各个击破，无法幸存。于是黄埔训练的成绩，殆不免同归于尽，革命的前途，也就不可得而知了。”
12日拂晓，第一团在棉湖西北山地与敌林虎主力遭遇，当即展开激战。战斗从拂晓到下午4时，一直没有停歇过。蒋鼎文营据守的曾塘村战斗最为激烈，双方死伤累累，蒋鼎文也被子弹洞穿左肺，身负重伤。但他不肯退下，呼喊着“顶住”，等待第二团援兵到来。然而第二团团长钱大钧由于行动迟缓未能及时赶到，敌军便全力对付第一团。全团官兵伤亡三分之一以上。整个战线几呈动摇之象。但何应钦不肯退让，严令部队务必坚持。有一处阵地被敌人突破，他急忙亲率卫士队手机枪排进行反击，才把入敌击退。紧接着，他又把预备队的一个团调上去，不到半小时，就被敌人打瘫了。
