依据这些教义，新教徒主张政教分离。作为新教的始作俑者，马丁·路德通过对耶稣的“恺撒的归恺撒，上帝的归上帝”的教义的诠释，阐述了政教分离的意义，他说：
教会与政府分属两个不同的王国，教会管的是属灵的领域，教会通过传播福音，来给人带来属灵的公义性。政府管的则是世俗的领域，政府通过扬善惩恶来保证社会的和平和秩序，它不可能给人带来属灵的公义。政府的唯一任务是专注世俗的秩序，教会的唯一任务则是宣讲和教导耶稣基督的福音。它们两者在人的生活中承担不同的功能，分管不同的领域。
同样，依据这些教义，新教徒主张信仰自由。既然“信仰是上帝的恩赐”，来自于上帝，那么，个人和团体就不能限制别人的信仰。新教徒说，当年耶稣在传播福音的时候，对不信者也并没有强制，他只是通过教训和传道让人们悔改，并没有诉诸任何强制力。马丁·路德在给德意志亲王的信中说：“政府的职能不是禁止或教导人们宣讲自己想要的东西——无论是福音还是谎言。”
新教徒对政教分离和宗教自由的执著，还源于自己在天主教统治下遭受长期迫害的体验，以及对天主教长期政教合一体制所带来弊端的反省。这些弊端，在新教徒看来，都有害于信仰。
首先，政教合一带来的最为明显的弊端，是宗教迫害，而宗教迫害会使信仰带有屈从或伪装色彩，从而有损信仰的真实性。
基督教在获得政权的支持之前，内部的正统与异端的斗争仅限于教义的争论，并没有血淋淋的宗教迫害。在原始教会时期对诺斯替主义（Gnosticism）的排除，在教父时代的“三位一体”信仰的确立，都没有伴随对异端的肉体的压制。在基督教成为罗马的国教之后，因为与国家权力的结合，教义之争逐渐演变为宗教迫害，教会的控制者为维持自己教义的正统性开始用暴力对待异端。在中世纪，天主教获得了对欧洲社会的政治、文化、思想的绝对支配权之后，宗教迫害发展为统治者对整个社会的所有持异见者的全面压制，魔女裁判、异端裁判、火刑成了这个时代的特色。中世纪末期，基督新教因为对天主教的世俗以及神学权威提出了抗议和挑战，成了天主教剿杀异端的最大规模的牺牲品。在几百年的天主教对基督新教的迫害中，有大量的新教徒被屠杀，仅在1572年8月23日一个夜晚，新教的胡格诺教派就在巴黎被天主教的国家势力屠杀了2000多人。英国著名作家斯迈尔斯（Samuel Smiles）写的《信仰的力量》一书，详细地记载了法国天主教徒动用国家力量对新教徒实施的迫害，上万人被屠杀、流放、禁锢，或被剥夺财产。
