1646年八月，清兵大举南下，本来被隆武朝赖以御敌抵抗的郑芝龙，此时却动了归顺清朝廷之心。他不是从书斋里熏陶出来的，风里浪里的日子没有把士大夫关于操守、礼义、忠君之类的理念装进他脑子，独善其身、兼济天下对他而言似乎有点远，他是实际的、是直接的、是功利的。既然当年归顺大明王朝时曾尝过甜头，那么“招安”这个词在他看来就有了另一种解释，可以与种种花团锦簇的形容词画上等号，所以就很自然地依照惯性得出乐观的判断。何况，这个曾被许多人批为枭雄的人物，永远是那么趾高气扬地自信，一刻的不自信似乎都对不起自己超人的胆略、才情与天生的霸气。
讲义气、重友情、爱面子，这更符合郑芝龙的逻辑，因此很多人相信，郑芝龙之所以生出离心，还与一件事及一个人有些关联。
那个人叫陈谦。
朱聿键在福州称帝前半年，弘光帝朱由崧赐给郑芝龙“南安伯”的敕印，就是由陈谦从南京送到福建的。赐的本来是“南安伯”，但抵达福建后打开印一看，才发现错了，“南安”刻颠倒，竟成了“安南”。南安不过一个小地方，而“安南”却可以覆盖闽广，格局霎时不一样。陈谦没有把印立即收回，而是教郑芝龙将印先收好，待他回朝将敕文改过再更换。但陈谦尚未回到南京，弘光王朝已经溃散了，“安南伯”终究没有改回“南安伯”。就是因为这件事，郑芝龙与陈谦成了朋友。
第二年陈谦再来闽，这次不是为郑芝龙而来，他的主子也由唐王朱由崧换成了鲁王朱以海。鲁王跟隆武帝朱聿键一样，也是明太祖的后裔，他在南京被清军占领，弘光朝解体后，被迎为监国，把1646年定为监国鲁元年，却并不把在福州称帝的唐王朱聿键当回事，更不奉隆武年号。两人就针尖麦芒干上了，为谁才是明正统水火不容。
被鲁王委以特使来闽的陈谦，其实预感不好，他心有恐惧，怕有不测。他派人问郑芝龙，郑芝龙却胸脯一拍，说“我在，无妨也”。结果并非无妨，隆武帝竟将陈谦杀了。没有其他原因，无非陈谦呈上一封信，信是鲁王写的，上面对隆武帝的称呼不是“陛下”，而是“皇叔父”，隆武帝大怒，怒火波及陈谦，陈谦成了阶下囚，接着又迅速被斩。
整个陈谦被囚被斩的过程，郑芝龙其实都没有不闻不问，他一直心急如焚地问、想方设法地问、火冒三丈地问，但隆武帝还是没给他面子。陈谦身首异处后，郑芝龙伏尸痛哭，是真真切切一场愧恨交加、肝肠寸断的大悲恸。“有我，无妨也”，这话犹在耳，可是他还在，对他的话信以为真的陈谦却死了。
他觉得自己在江湖上脸面扫地，信义全失。恼怒、内疚、怨恨，那些日子，类似的情绪将郑芝龙团团笼罩，恰好此时清军使出诱惑的手段，许以闽、粤、浙三省广阔的土地。他脚一跺，投奔而去了。
郑芝龙的举械，导致了南明隆武朝的迅速崩溃。朱聿键被俘、被杀就成了顺理成章的事实。而身为隆武朝御营军都督、挂招讨大将军印的郑成功却不愿与父亲同进共退。父与子在改朝换代之际，竟不能同心，各执己见地站在了两个不同阵营之上。郑成功给父亲写了一封信，用词已经相当决绝：“从来父教子以忠，未闻教子以贰，今父不听儿言，儿只有缟素而已。”
