贝茨博士证明的日本兵在安全区内强奸的部分暴行，这也足以证明日本兵对妇女施暴的严重程度。而对妇女施暴从中取乐，《南京地方法院检察处敌人罪行调查报告》作为检察方面的证据(1706)，曾在远东国际军事审判时被提出：
从一般青年妇女到六、七十岁的老妈妈，受害者甚多。日本军所采取的手段有强奸、轮奸，凡拒绝被强奸者即遭杀害。有的或迫使父亲奸污他的女儿，或迫使哥哥奸污他的妹妹，或迫使公公奸污他的媳妇，从中取乐；也有的割去妇女的乳房，戳破她的心脏，打坏她的下巴，拔掉她们的牙齿，其状惨不忍睹。(《记录》58号，载前引书Ⅰ，第144页)
日本兵对妇女施暴的残忍状况，慈善团体十字会南京分会副会长许传音在远东国际军事法庭作证时，谈了一个令人毛骨悚然的典型事例：
不知道有几千名妇女被凌辱后被杀，连尸体也被污辱。士兵们在市中心及其外围地区反复进行这些行动，以南门“新开路7号”为例，这一家有11个人被杀。
当军队来到房门口时，年老的祖父出来接待。他当场被杀。70多岁的祖母不知发生了什么事情，跑出来看，她在离自己丈夫几步路的地方也被枪杀。她们的女儿抱着婴儿过来，日本兵把她和婴儿两人全都杀害。家中有17岁和14岁两个未婚少女，都受到士兵的凌辱后杀害。1个少女倒在桌子上的血泊中，有短棒插入她的阴道内；另1个在阴道内插入香水瓶，倒在血“床”上。其他还有5个妇女在家中被杀。日本兵把这1家看到的人全部杀害了。有个少女住在附近，在他(她)们被杀后，躲了1天1夜，才幸免于难。(《记录》29号，载前引书Ⅰ第29页)
那天马吉牧师和许传音同到“新开路7号”看了现场。两个人都拍下了现场。在远东国际军事法庭上，马吉牧师也作了证明。这仅仅是在南京大屠杀期间日本军强奸妇女两万起以上的1个典型案例，充分说明日本军残忍成性，凶恶无比。
(三)纵火与破坏
根据国民政府国防部审判战犯军事法庭1947年调查认定，日军锋镝所至，焚烧与屠杀常同时进行。陷城之初，沿中华路迄下关江边，遍地大火，烈焰烛天，半城几成灰烬。又据南京的外籍人士提供的材料以及远东国际军事法庭调查认定，全市约三分之一的房屋建筑烧毁。
焚烧破坏是侵华日军的“三光”政策之一，早在杭州湾登陆后便已实行。请读者先看看“龙溪两岸的烈火”惨案：
这次轰炸、焚烧、破坏，一直进行到深夜11时，北起吴兴县菱湖查家簖，南迄杭县王家庄，长120里，宽10多里范围内的近150个大大小小村庄，被炸得烧得一片火海，直到第二天还在燃烧。
日军攻陷南京后在庆祝“胜利”的狂欢中，更加疯狂地纵火，许多民房、商店、名胜古建筑，以致整条街道被烧成灰烬。我们先来看看日军纵火留下的罪证：
罪证之一。通济门外米行街27家，各有祖产或自置房产，历来经营各业，安分守纪。日军侵入南京时，竟将通济门外米行街焚烧殆尽(仅有米行街1号市民左东生房屋幸免殃及)。一个繁荣之街市，一变而为瓦砾场。不仅如此，后来，日军尽将各家所被毁时遗留下的砖石瓦片，全部运至大教场(光华门外飞机场)附近，为其军事之用。
罪证之二。孙庆有，男，24岁，住王府巷。日本兵进城后一个礼拜的一个晚上，约在8点到9点钟时，日军在邻近的王府巷的丰富路卫生所里(原址就是现在的建邺医院)先是烤火取暖，然后纵火把卫生所烧了。当时火势越来越大，眼看火势向王府巷茅房棚户区蔓延，孙庆有等人非常惊慌。这时，日本兵假意要他们去救火，实则进行杀人。他们见到日本兵来了，便乘黑四散躲避。当时有些人从难民区里回家看看，因而被抓，被打死了很多人。有很多人被日本兵抛进火里活活烧死。日本兵抓住他家邻居徐保定、韩天成2人，要他们喊人去救人。他俩被迫喊了两个人一起去，结果喊人的和被喊的4个人，没有一个生还。
当天晚上，他见到被日本兵杀死的人还有：范老头夫妇被砖头砸死了；王月的母亲和弟弟(是个瞎子)被刺刀刺死；王冠发的岳父岳母被用绳子捆住，推到火里烧死；柏老五和铁贵宝的岳叔丈在丰富路卖粥的伙计，也被打死、砍死；他母亲还看见吴三躲在鸡毛堆里，被日本兵发现，狠戳一刀，从前胸直刺到后背心而死去。
罪证之三 。马怀德，当年60岁，在党家巷开个叫“望成轩”的饮食店，经营水饺和牛肉面。店房是两层楼6间，较为宽畅。
12月15日那天，日本兵闯进望成轩，把家具全部砸碎烤火，然后在楼下放一把火。倾刻间，烈烟腾空，火势很快蔓延开来。马怀德躲在楼上，见楼下着火，就往外跑，没跑多远，就被日本兵开枪打死了。这次大火，从党家巷一直烧到东牌楼，瞻园路半边街的10多户人家的房屋也被烧得精光。
罪证之四。潘守华，住长乐路222号，经营纸张。有大间楼房一进，披厦一间，内存绵表30余担、表芯纸20余担、锡箔一百块、新闻纸20余令、毛边纸30余令，红纸2百刀，木造纸10令、信封纸10刀、黄纸10件，行李、家具等全部，均被中岛部队放火焚烧，损失迨尽。
