徐向前当时脑子里的一些问号，也正是红四方面军广大指战员心目中的共同疑问。但是，作为身负重任的总指挥，徐向前不仅自己不谈论这些事，而且严格要求下属不要瞎议论，要顾大局，讲团结，相信党中央、毛主席会妥善处理和解决这些问题。在芦花、黑水，徐向前从两个方面军团结的大局出发，主动建议调一方面军一些干部来四方面军当参谋长，调四方面军的3个建制团充实一方面军，以便两军互相学习，取长补短。党中央采纳了徐向前的建议。
中共中央和军委为团结四方面军的广大指战员，实现北上创造川陕根据地的方针，对组织作了必要的调整。7月18日，任命中央军委主席朱德仍兼红军总司令，张国焘任总政治委员。7月21日，决定组织前敌指挥部，以徐向前兼总指挥，陈昌浩兼政委，叶剑英任参谋长。
徐向前作为红四方面军的总指挥，处境艰难。他支持毛泽东的北上方针，但为了较好地开展工作又不能公开反对张国焘。徐向前的斗争策略是力劝张国焘接受北上方针，或者只管在前方打仗，尽量避免出席张国焘主持的会议。
当徐向前还在幻想能有一个两全其美的解决办法时，传来了中央红军单独北进的消息。徐向前回忆说：“那天早晨，我刚刚起床，底下就来报告，说叶剑英同志不见了，指挥部的军用地图也不见了。我和陈昌浩大吃一惊。接着，前面的部队打来电话，说中央红军已经连夜出走，还放了警戒哨。何畏当时在红军大学，他跑来问：是不是有命令叫走？陈昌浩说：我们没下命令，赶紧叫他们回来！发生了如此重大的意外事件，使我愣了神，坐在床板上，半个钟头说不出话来。心想这是怎么搞的呀，走也不告诉我们一声呀，我们毫无思想准备呀，感到心情沉重，很受刺激，脑袋麻木得很。前面有人不明真相，打电话请示：中央红军走了，还对我们警戒，打不打？陈昌浩拿着电话筒，问我怎么办？我说：哪里有红军打红军的道理！叫他们听指挥，无论如何不能打！陈昌浩不错，当时完全同意我的意见，作了答复，避免了事态的进一步恶化。他是政治委员，有最后决定权，假如他感情用事，下决心打，我是很难阻止的。在这点上，不能否认陈昌浩同志维护团结的作用。那天上午，前敌指挥部开了锅，人来人往，乱哄哄的。我心情极坏，躺在床板上，蒙起头来，不想说一句话。”
可以看出由于徐向前和陈昌浩的态度，不仅保证了毛泽东的安全，更避免了一场血战和内讧。然而，“文革”期间，林彪、江青却以此为题，对徐向前进行肆意的诬陷和迫害。毛泽东决定出面制止，在1967年7月林彪、江青迫害老帅们最起劲的时候，毛泽东为徐向前辩护：“徐老总过去的事情不能再搞了，那是过去的事，那是张国焘的事情。听说，在草地上徐帅就说过，哪有红军打红军的！”毛泽东的这句话，使徐向前免受了一场更大的冲击。
徐向前向毛泽东主动承担了西路军失败的责任，心情十分沉重。毛泽东安慰他说：“不要难过，留得青山在，不怕没柴烧。你能回来就好，有鸡就有蛋。”
