1934年12月12日，中共中央在通道临时开了一次紧急会议，有毛泽东、张闻天、王稼祥、周恩来、李德等参加。毛泽东的主张得到张闻天、王稼祥、周恩来的支持。但会后博古、李德仍坚持原计划进军。18日，红军到达黎平后，中共中央政治局召开了著名的黎平会议。会议经过激烈争论，否定了博古、李德的主张，通过了毛泽东的意见，决定中央红军不去湘西。这次会议的决议，是红军战略转变的开始，是长征路上中共中央政治局对博古、李德所犯错误的否定，是使中国共产党和红军转危为安迈出的第一步。周恩来是会议的主持者，做出了重要贡献。会后，剥夺了李德对红军的指挥权。
1935年1月，中共中央政治局在遵义召开扩大会议。会议清算了王明“左”倾路线在第五次反“围剿”和突围西征中军事指挥上的错误。会上，周恩来和与会的绝大多数人都同意毛泽东的正确主张，会议明确了红军战略战术上的是非，指出博古、李德在军事指挥上的错误，决定增选毛泽东为中共中央政治局常委，军事上由朱德、周恩来指挥，“而恩来同志是党内委托的对于指挥军事上下最后决心的负责者”。会后，中央常委分工，决定毛泽东为周恩来的军事指挥上的帮助者。
遵义会议实际上确立了毛泽东在红军和中共中央的领导地位。遵义会议后，红军四渡赤水。在渡乌江前，中共中央决定以周恩来、毛泽东、王稼祥成立三人团，指挥军事。接着，红军南渡乌江，又巧渡金沙江，终于摆脱了几十万敌军的围追堵截，取得了战略转移的决定性胜利，并为长征的胜利奠定了基础。
中央红军在长征过程中，发生两件大事，一件是召开了遵义会议，另一件是中共中央和张国焘的北上和南下之争。
1935年6月12日，红一方面军先头部队一军团第二师第四团，在夹金山、达维之间与红四方面军第九军第二十五师第七十四团胜利会师。这时，南面是蒋系薛岳部队紧追；东面是众多的四川地方部队，派系庞杂，但与红军为敌是一致的；北面是胡宗南部队驻守松潘等地阻拦，但兵力尚未集结，西面是人迹罕至的高山地区。红军会合后，兵力10多万，下一步向何处，是关键问题。6月26日，中共中央政治局在两河口召开会议，周恩来在会上作“目前战略方针”的报告。他阐述了在松潘、理县、茂州一带不利于红军久驻，必须北上到川陕甘建立根据地的理由，并指出向南不可能，敌人已占夹金山以南地区，向东也不可能，敌人已在东面集结130个团兵力；向西条件更难，只有北上才是出路。中共中央所有领导人，包括张国焘在内，都同意这个意见。但是会后，张国焘以种种借口，拖延北上。8月上旬开始，周恩来积劳成疾。20日，中共中央在毛儿盖召开会议，由毛泽东作报告，报告仍坚持北上方针，红军主力要北出洮河流域，取得甘陕广大地区。这以后，张国焘发展到企图危害中央的地步，中共中央决定率红一、红三军团立即北上。到哈达铺后，中共中央得知陕北有刘志丹、徐海东领导的红军，有革命根据地存在，决定率红军落脚陕北。
