虽然，周恩来被继续留任，实际上是处于留职察看的境地，处境十分艰难。
周恩来极力保持住他所领导的中央军委、特科和交通机关，不使王明派人打进来。例如王明曾经要派一个黄埔生黄第红到中央军委工作，而这个人实际上暗中已同蒋介石勾搭上。周恩来通过情报系统截到了黄第红给蒋介石的效忠信，拿给王明看，王明才没有话说。
4月24日，中央特科负责人顾顺章在汉口被捕叛变。在南京打入国民党中央组织部调查科的共产党员钱壮飞得知后立即派人报告中央。周恩来在陈云等协助下果断地采取紧急措施，安全转移了中共中央、江苏省委和共产国际远东局的全部机构，国民党企图一举破坏中共中央领导机关的计划落了空。接着，躲住在周恩来寓所的向忠发，不听周恩来的劝告，擅自外出，被国民党逮捕。周恩来正在设法营救，却得到消息说向忠发已经叛变。周恩来冒险到自己的寓所去观察联络信号，断定向忠发已经带人来搜查过，赶紧离开。从此，周恩来再难在上海秘密工作下去了。
1931年12月上旬，周恩来离开上海，坐船经广东省的汕头、大埔，转到福建永定继续航行，于下旬到达江西中央革命根据地。
这时，王明已经先周恩来于10月间离开上海去了莫斯科。行前，王明曾经对周恩来说，到中央苏区后，毛泽东只管政府的工作。周恩来离上海前，中共临时中央负责人博古又对周恩来说，到中央苏区后，周恩来是苏区中央局书记，毛泽东管政府，朱德管军事。这都是说，不要毛泽东管军事。
但周恩来到中央苏区后，并没有完全按临时中央的指示办，而是实事求是地对待毛泽东的缺点与长处。
周恩来走马上任后抓的第一件事就是纠正中央苏区肃反扩大化的错误。1932年1月7日，周恩来主持苏区中央局通过的《关于苏区肃反工作的决议案》，不仅批评过去中央局，也批评毛泽东为首的红军总前委犯了“肃反工作中路线错误”，即扩大化的错误。
50年后邓小平回忆此事这样评价道：“开始打AB团的时候，毛泽东同志也参加了……在那种异常紧张的战争环境中，内部发现坏人，提高警惕是必要的。但是，脑子发热，分析不清，听到一个口供就相信了，这样就难于避免犯错误。”
邓小平明确指出毛泽东当时也犯了错误。周恩来批评毛泽东的错误，正表现了他对党、对革命事业负责和实事求是的精神，绝非像港台等作者著述的观点是周恩来整治毛泽东的开始。毛泽东在工作中有错误，作为上级领导的周恩来批评他是对的。绝不能把批评与自我批评这一党的优良传统和作风，说成是“互相攻击”。一般认为，周恩来在同毛泽东的相互关系中，主要是崇敬、服从、弥补和相辅相成，这当然是对的。但是，也不能忽略周恩来敢于坚持自己的意见，敢于发表与毛泽东的不同意见，也是有斗争性和原则性的一面。这一点，无论是毛泽东作为党的领袖之前还是其后都是如此。20多年后，1956年9月10日，毛泽东本人在中共“八大”预备会议第二次全体会议上，谈及往事，对于中央苏区肃AB团，说了一句语重心长的话：“肃反时我犯了错误，第一次肃反肃错了人。”
