就这样，普京用自己的方式打了一个漂亮仗，澄清了总理及其他政府官员的疑虑。不过，虽然有过这样的冲突和矛盾，当叶利钦宣布解散普里马科夫领导的政府时，普京觉得非常意外，他根据自己的直觉表示了反对。不过，他的反对无法改变现实，普里马科夫还是告别了总理一职，回到家里。
不久之后，普京带领联邦安全局的一群高级官员到普里马科夫家里进行拜访，其中大部分都是普里马科夫的老部下，他们衷心地表达了对他的慰问，这让普里马科夫非常感动。
不过，普京还必须摆平来自内部的疑虑。联邦安全局的前身是反间谍局，而普京以前出自克格勃对外情报局，安全局与情报局一向有些互相看不太顺眼，而且普京与索布恰克的关系也成了他领导联邦安全局的障碍。
在20世纪90年代初期，索布恰克接受了身为克格勃的普京，一方面是因为普京来自对外情报局，主要在国外工作；另一方面也出于他对普京个人品质的好感，但他对其他的克格勃，尤其是跟苏联百姓生活密切相关的反间谍局特别反感。在他看来，这些克格勃充当了在苏联制造恐怖、罗织罪名、镇压群众的角色。因此，他从不放弃任何批判他们的机会，而且丝毫不留情面。这自然引起了相关部门的不满。普京作为索布恰克的忠实下属，他对老师的尊重人所共知，因此，联邦安全局的人员把对索布恰克的不满转移到普京身上也毫不为奇。
普京必须妥善解决这些问题，对此他采取的措施有：
按时发放工资。必须承认，这一招非常有效，在当时，所有政府机构的工作人员都很难及时领到应得的工资，拖欠工资是常有的事情。但普京上任之后立刻按时按量地发放工资，这给了工作人员强烈的信号——这是一个强有力的领导，也是一个关心下属的领导。
重塑安全局工作人员的信心。苏联解体，给克格勃人员造成了巨大的心理落差，不仅仅待遇骤降，有时候连工资都领不上，还必须忍受社会声誉的变化：从原来的人人敬畏的工作突然变成了过街老鼠，在人前人后连头都抬不起来。但普京告诉联邦安全局的工作人员，虽然社会上对安全局多有误解，但必须坚信，他们所从事的工作是国家、人民所必需的。他们应该为自己所从事的工作而感到自豪。为此，普京还在联邦安全局大楼前立起了尤里·安德罗波夫的塑像。他一直是苏联百姓心目中最优秀的领导人之一，而且，更为重要的是，在成为苏联总书记之前，他担任了15年的国家安全委员会主席。在这期间，他巩固了克格勃的地位，缔造了一个稳定的中央领导核心，在克格勃的发展过程中起到了非常重要的作用。
通过这些举措，普京成功地在安全局站稳了脚跟，并干出了不俗的成绩。叶利钦一度有过让他一直干下去的想法，建议他回到军队，他可以授予普京将军的军衔。但被普京拒绝了，“强力部门应该由文官而不是军人来领导”，他自信满满地说。
“在选举中，我们将依靠谁呢？”
1999年8月5日，叶利钦会晤了普京，并向他说明，将任命他为总理。叶利钦解释说，这样做是因为斯捷帕申领导下的政府过于软弱，根本无法形成强有力的政治力量，和莫斯科市市长卢日科夫与前总理普里马科夫领导的“祖国-全俄罗斯”联盟抗衡以赢得国家杜马选举。后者是叶利钦的心腹大患，为了确保自己的政策得到延续，自己的政治遗产得到继承，他必须选择“自己人”做下任总统。
这一“自己人”需要能够赢得总统大选，显然，叶利钦在斯捷帕申身上看不到希望，这让他深感不安。因此，他必须临阵换将，于是便找到了普京。
正如他向全国人民所宣布的那样，他相信普京能够让大多数人团结在一起，在21世纪复兴伟大的俄罗斯。现在看来，我们不得不佩服他的眼光，他的确找到了合适的人选。
普京的回复很审慎，他说，他遵从总统的意见，将担任总理；但他也承认，他不喜欢竞选，也不想参与进去。当年圣彼得堡的惨败已经给他留下了心理阴影。当时，他小心翼翼地问叶利钦总统：“我们将依靠谁来进行选举？”
叶利钦的回答并不容乐观：“我不知道，我们将建立一个新政党。对你来说，应该把主要精力放在政府的工作上。”
这句话解放了普京，不过只是让他在精神上更为放松，让他可以放手去努力工作。不久之后，领导选举的责任还是落在了他的头上，他只能靠自己。
刚上任的时候几乎没有评论家看好他，最有代表性的评论莫过于《总结》杂志的说法：叶利钦从自己相当多的干部“烂牌”中抽出了最不起眼的、难看的联邦安全局局长，宣布他为自己的接班人。如此暗淡的、不显山露水的人能做什么事情呢？不仅完全失去了超凡性，而且没有一点个人魅力，可以说，把普京作为赌注是叶利钦班子完全绝望的表现。
这是事实，低调的普京不喜欢在公众面前露面，虽然他在担任联邦安全局局长以及国家安全委员会秘书期间的表现可圈可点，但这些表现自然无法为普通公众所知，因此，在评论家们眼里，他的确是叶利钦最烂的一张牌。不过，他的机会马上来了。
他刚上任，便面临着车臣问题。对此，他毫不心软，主张以武力彻底解决该问题。随着车臣战争的节节胜利，普京坚毅果敢的形象也慢慢深入人心。原来在电视上见不到的人物突然成了人民心目中的英雄，士兵们心目中的统帅，普京声名大噪，总统看好率不断突破新高，创下新纪录。
不过，这并不意味着大选的胜利在握。他首先必须打败人气颇高的卢日科夫-普里马科夫联盟。正如叶利钦所说的，这个二轮马车在国家杜马选举中很可能会取得决定性的优势，真是这样的话那么未来的总统选举也就毫无意义了。因为他们将占领议会中一半多甚至三分之二的席位，轻松取得修改宪法的大多数，完全合法地以三分之二的表决通过任何一个宪法修正案，其中包括改变国家的总统领导体制。这样一来，叶利钦、普京对他们可谓毫无还手之力。
因此，打败他们、最起码是阻止他们在议会中取得决定性的胜利成了当务之急。由此，在总统办公厅主任沃洛申的努力下，“统一党”仓促宣告成立。这是一个全新的政党，他的领导人也差不多是“全新”的——紧急状态行动部部长绍伊古之前几乎不怎么参与政治。它在选举前三个月组建，但必须迅速投入选举。
不过这样也有好处，当各股政治势力之间应用各种肮脏的选举技巧展开互相之间的攻击时，对手发现几乎找不到这个政党的任何污点。在政治上，他们纯洁有如赤子。
不过没有对手的攻击并不代表能够引起人们的关注和支持，它没有基本的支持层面，也没有稳定的支持力量。幸好，来自普京的支持及时弥补了这一缺陷。普京在车臣战争中良好的表现使得他的声望如日中天，这时他宣布，他将支持“统一党”，这无疑是统一党最大的政治资本。
